Áp dụng NSW, thay vì hồ sơ hàng hóa xuất nhập khẩu gồm nhiều loại giấy tờ như tờ khai, hợp đồng, giấy kiểm tra, kiểm dịch, chứng nhận tiêu chuẩn hàng hóa, DN chỉ phải cung cấp 1 tờ khai duy nhất.

Đồng thời NSW cho phép giảm thời gian, chi phí cho DN trong quá trình làm thủ tục giữa các cơ quan nhà nước khi thực hiện cơ chế điện tử (gồm Hải quan, các bộ, ngành liên quan đến việc cấp giấy phép, thực hiện kiểm tra tiêu chuẩn, kiểm dịch đối với hàng hóa).

Thông tin của DN khi gửi lên NSW sẽ được tiếp nhận, xử lý theo 5 bước gồm: DN gửi thông tin; Cổng NSW tiếp nhận thông tin; thông tin được Cổng NSW tự động chuyển đến các đơn vị liên quan để xử lý. Các cơ quan sau khi nhận thông tin sẽ xử lý theo quy trình nghiệp vụ nội bộ; Sau khi có kết quả xử lý, các đơn vị chuyển thông tin lại cho Cổng NSW và Cổng sẽ chuyển kết quả xử lý của tất cả các cơ quan cho DN.

Điểm khác biệt so với thủ tục 1 cửa tại cấp huyện, tỉnh, thành phố hiện nay là NSW có cơ sở dữ liệu dùng chung và vận hành theo phương thức điện tử. cơ chế này chỉ sử dụng khóa và chứng từ điện tử, nên sẽ giảm thiểu được tiêu cực do yếu tố con người. Thay vì phải đến từng đơn vị để thực hiện thủ tục, DN chỉ cần gửi thông tin lên Cổng thông tin điện tử của NSW và nhận kết quả xử lý từ đầu mối duy nhất này.

Theo kế hoạch, từ 6/2015 sẽ kết nối các thủ tục hành chính của các Bộ: Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tài nguyên và Môi trường, Y tế; sẵn sàng kết nối Cơ chế một cửa ASEAN. Sẽ tiến hành mở rộng kết nối các thủ tục hành chính cấp phép đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh của các Bộ, ngành còn lại từ 2016.