Trước đó, Tổng cục Thuế nhận được công văn số 10053/CT-KTr2 ngày 28/9/2012 và công văn số 6204/CT-KTr2 ngày 08/06/2012 của Cục thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đề nghị hướng dẫn về thuế GTGT của Chi nhánh Vũng Tàu Công ty đóng tàu và Công nghiệp Hàng hải Sài Gòn khi giải thể. về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Khoản 4 Điều 29 Nghị định 139/2007/NĐ-CP ngày 5/9/2007 của Chính phủ hướng dẫn chi tiết thi hành một số điều của Luật Doanh nghiệp quy định: “Doanh nghiệp có chi nhánh đã bị giải thể chịu trách nhiệm thực hiện các hợp đồng, thanh toán các khoản nợ, gồm cả nợ thuế, của chi nhánh và tiếp tục sử dụng lao động hoặc giải quyết đủ quyền lợi hợp pháp cho người lao động đã làm việc tại chi nhánh theo quy định của pháp luật”.

Tại điểm 5.18 Mục IV Phần B Thông tư 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính; điểm 2.18. bl, b2, mục IV, Phần B Thông tư số 129/2008/TT- BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hoá đơn, chứng từ.

Theo trình bày của Cục thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu thì:

- Chi nhánh Vũng Tàu Công ty đóng tàu và Công nghiệp hàng hải Sài Gòn đã giải thể từ 20/6/2007.

- Ngày 5/11/2009, Cục thuế thực hiện kiểm tra quyết toán thuế giải thể, truy thu thuế và xử phạt đối với 2 công trình Chi nhánh chưa quyết toán khi giải thể (sửa chữa tàu Lam Sơn 01 và công trình sửa chữa tàu Vũng Tàu 01).

- Công ty CP sửa chữa tàu biển và Công nghiệp Hàng hải vũng Tàu nhận vốn góp của Công ty TNHH MTV đóng tàu và công nghiệp hàng hải Sài Gòn. Theo đó toàn bộ tài sản, nguồn vốn, lao động của Chi nhánh Vũng Tàu Công ty đóng tàu và Công nghiệp Hàng hải Sài Gòn được chuyển giao cho Công ty CP sửa chữa tàu biển và công nghiệp Hàng hải Vũng Tàu.

- Năm 2007, khi công trình kết thúc và quyết toán, Công ty CP sửa chữa tàu biển và Công nghiệp Hàng hải Vũng Tàu xuất 3 hóa đơn GTGT cho Công ty TNHH MTV đóng tàu và công nghiệp hàng hải Sài Gòn.

Căn cứ hướng dẫn trên, đề nghị Cục thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu làm rõ:

- Chi nhánh Vũng Tàu Công ty đóng tàu và công nghiệp hàng hải Sài Gòn giải thể tháng 6/2007, tuy nhiên đến tháng 11/2009 Cục Thuế mới kiểm tra quyết toán về việc giải thể của Chi nhánh.

- Đối với 2 công trình sửa chữa dở dang được chuyển từ Chi nhánh Vũng Tàu Công ty đóng tàu và Công nghiệp hàng hải Sài Gòn sang Công ty CP Sửa chữa tàu biển và Công nghiệp Hàng hải Vũng Tàu thì đây là trường hợp điều chuyển tài sản sau khi giải thể Chi nhánh hay sáp nhập doanh nghiệp (sáp nhập doanh nghiệp thì không thực hiện thủ tục giải thể doanh nghiệp bị sáp nhập theo quy định tại Điều 153 - Luật DN) hay góp vốn? Nếu là trường họp góp vốn hoặc sáp nhập doanh nghiệp thì thực hiện theo quy định tại điểm 5.18 Mục IV Phần B Thông tư 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính; điểm 2.18. bl, b2, mục IV, Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.