Đến thời điểm hiện nay đã có  27/35 cục hải quan đạt chỉ tiêu thu NSNN ban đầu Bộ Tài chính giao là các Cục Hải quan: Bà Rịa-Vũng Tàu, Đồng Nai, Bình Dương, Quảng Nam, Quảng Ninh, Khánh Hòa, Cần Thơ, Đà Nẵng, Hà Nam Ninh, Long An, Hà Tĩnh, Lào Cai, Nghệ An, Tây Ninh, Quảng Ngãi, Bình Định, Thừa Thiên Huế, Bình Phước, Đắk Lắk, Hà Giang, Cao Bằng, Cà Mau, Kiên Giang, An Giang, Quảng Bình, Đồng Tháp, Điện Biên.

Trong đó có 9 Cục Hải quan hoàn thành cả 2 chỉ tiêu (bao gồm cả chỉ tiêu giao bổ sung) là Hải quan Quảng Nam, Khánh Hòa, Lào Cai, Tây Ninh, Cao Bằng, Cà Mau, Kiên Giang, Quảng Bình, Điện Biên.

Tại một số Cục Hải quan chiếm số thu lớn như: Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh số thu ngân sách đạt 88,82%, Hải Phòng đạt 98,705, Hà Nội hiện đang đạt tỉ lệ thu khoảng 84,95%.

Bên cạnh đó, do tác động của các hiệp định thương mại tự do đã dẫn đến giảm thu từ hàng hóa nhập khẩu và tình hình thay đổi hoạt động trên địa bàn mà một số Cục Hải quan đạt được chỉ tiêu thu NSNN thấp như Cục Hải quan Lạng Sơn hiện mới đạt 60,8% chỉ tiêu, Thanh Hóa đạt 71,82% chỉ tiêu, Quảng Trị đạt 85,14% chỉ tiêu.

Tổng số thu ngân sách của ngành Hải quan hiện đã đạt được 92,1% so với chỉ tiêu Bộ Tài chính giao là 293.000 tỷ đồng. Mặc dù đánh giá số thu NSNN năm 2018 sẽ vượt chỉ tiêu, Tổng cục Hải quan vẫn tích cực đẩy mạnh các giải pháp tăng thu, chống thất thu ngân sách, tăng cường thu hồi nợ thuế.