Trong đó, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã thực hiện kiểm tra tại cơ quan Thuế gần 97.000 hồ sơ khai thuế, với số thuế kê khai, bổ sung và ấn định được 2.146 tỉ đồng.

Đồng thời, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh cũng đã thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp với trên 8.000 trường hợp, tăng 31% so với cùng kì năm 2012 với số thuế truy thu và phạt là 1.121 tỉ đồng, giảm khấu trừ thuế giá trị gia tăng 148 tỉ đồng, giảm lỗ 1.809 tỉ đồng.

Ngoài ra, trong 8 tháng đầu năm Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh cũng đã thực hiện thanh tra trên 1056 hồ sơ với số thuế, truy thu và phạt đạt 1.112 tỉ đồng, giảm khấu trừ 56 tỉ đồng, giảm lỗ 1.041 tỉ đồng.

Theo bà Trần Thị Lệ Nga, Phó Cục trưởng Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, công tác kiểm tra, thanh tra thuế vẫn còn gặp một số khó khăn.

Cụ thể, việc phân ngành kinh tế hiện nay còn nhiều bất cập, các doanh nghiệp khi xin giấy phép thành lập thường đăng kí nhiều ngành nghề, lĩnh vực khác nhau. Tuy nhiên, hệ thống dữ liệu lại không xác định được ngành nghề kinh doanh chính của doanh nghiệp dẫn đến việc phân tích, đánh giá, so sánh kết quả hoạt động kinh doanh giữa các doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn.

Bên cạnh đó, từ đầu năm đến nay, số lượng doanh nghiệp giải thể phát sinh nhiều so với các năm trước đây. Đối với các doanh nghiệp giải thể phải được ưu tiên kiểm tra trước để doanh nghiệp có cơ sở hoàn thành nghĩa vụ thuế và đóng mã số thuế. Công tác kiểm tra giải thể chiếm nhiều thời gian vì nhiều doanh nghiệp có niên độ kiểm tra dài. Tuy nhiên, phần lớn các doanh nghiệp giải thể không phát sinh hoặc phát sinh số thuế truy thu không cao.

Ngoài ra, phần lớn các thông tin được lưu trữ tại cơ quan Thuế là hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp. Hiện ngành thuế rất thiếu các thông tin hỗ trợ từ các cơ quan quản lí nhà nước nước khác như Công An, Quản lí thị trường, Hải quan, Ngân hàng… điều này đã phần nào hạn chế hiệu quả của công tác kiểm tra.