Theo Thông tư, tổ chức thu phí là cơ quan có thẩm quyền thẩm định đồ án quy hoạch xây dựng theo quy định tại Luật Xây dựng, Luật Quy hoạch đô thị và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của 37 luật có liên quan đến quy hoạch.

Mức thu phí thẩm định các đồ án quy hoạch xây dựng thực hiện theo quy định tính theo tỷ lệ % trên tổng chi phí lập từng đồ án quy hoạch đề nghị thẩm định (chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng).

Cụ thể, mức thu phí lập đồ án quy hoạch theo các tỷ lệ tương ứng với số tiền: 2,8% là 10 tỷ đồng; 3,2% là 7 tỷ đồng; 3,9% là 5 tỷ đồng; 5,5% là 2 tỷ đồng; 7,5% là 1 tỷ đồng; 8,4% là 700 triệu đồng; 9,7% là 500 triệu đồng  và 12,3% là 200 triệu đồng.

Đối với đồ án quy hoạch điều chỉnh theo quy định tại Luật Xây dựng, Luật Quy hoạch đô thị và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của 37 luật có liên quan đến quy hoạch nêu rõ: Trường hợp điều chỉnh tổng thể, phạm vi điều chỉnh vượt quá quy mô diện tích và dân số của đồ án đã được phê duyệt, thì mức thu phí bằng 100% mức thu phí quy định tại Khoản 1 điều này.

Phạm vi điều chỉnh không vượt quy mô diện tích hoặc dân số của đồ án đã được phê duyệt: mức thu phí bằng 80% mức thu phí quy định tại khoản 1 Điều 4. Trường hợp điều chỉnh cục bộ, mức thu phí bằng 50% mức thu phí quy định tại khoản 1 Điều 4.

Người nộp phí thực hiện nộp phí theo mức thu quy định tại Điều 4 Thông tư này cho tổ chức thu phí theo hình thức quy định tại Thông tư số 74/2022/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về hình thức, thời hạn thu, nộp, kê khai các khoản phí, lệ phí thuộc thẩm quyền quy định của Bộ Tài chính.

Chậm nhất là ngày 5 hàng tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc Nhà nước.

Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước (NSNN). Nguồn chi phí trang trải cho việc thẩm định và thu phí do NSNN bố trí trong dự toán của tổ chức thu phí theo chế độ, định mức chi NSNN theo quy định của pháp luật.

Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP, thì được để lại 90% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho việc thẩm định và thu phí theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP; nộp 10% số tiền phí thu được vào NSNN.

Thông tư số 35/2023/TT-BTC có hiệu lực thi hành từ ngày 15/7/2023. Khoản 2 Điều 6 Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2024.