Theo đó, Công văn quy định rõ, khi nhập khẩu xăng dầu chứa trong phương tiện vận tải tự hành thuê của nước ngoài nhập cảnh vào Việt Nam, doanh nghiệp (DN) thực hiện kê khai lượng xăng, dầu chứa trong tàu, trong đó xác định rõ số lượng xăng dầu dự kiến tiêu thụ tại Việt Nam và lượng tái xuất theo tàu.

Các DN nộp thuế tính trên khối lượng xăng dầu ước tính tiêu thụ tại Việt Nam và xuất trình chứng thư bảo lãnh của tổ chức tín dụng đối với số xăng dầu còn lại kèm theo văn bản cam kết sẽ thực hiện nộp đầy đủ số thuế. Khi tái xuất, DN khai đầy đủ, chính xác số lượng xăng dầu thực tế đã sử dụng tại Việt Nam theo quy định tại Điều 14, Thông tư số 128/2013/TT-BTC. Nếu số tiền thuế phải nộp tính trên lượng xăng dầu thực tế tiêu thụ nội địa nhỏ hơn số tiền thuế đã nộp thì DN được trả lại số tiền thuế nộp thừa thực hiện theo hướng dẫn tại về thủ tục hoàn thuế tại công văn này.

Căn cứ để xác định số lượng xăng dầu chứa trong phương tiện chuyên dùng là bản khai chung khi phương tiện chuyên dụng làm thủ tục nhập cảnh, xuất cảnh theo quy định tại khoản 15 Điều 3 Thông tư 139/2013/TT-BTC. Trường hợp cơ quan Hải quan có nghi ngờ hoặc các cơ quan chức năng khác kiểm tra phát hiện DN khai báo không đúng số lượng xăng dầu chứa trong phương tiện tự hành nhập cảnh tại Việt Nam thì yêu cầu DN cung cấp giấy chứng nhận giám định khối lượng xăng dầu của cơ quan có thẩm quyền khi làm thủ tục nhập cảnh, xuất cảnh.

Công văn cũng quy định về: Thủ tục, hồ sơ hoàn thuế đối với số lượng xăng dầu đã nộp thuế khi tạm nhập nhưng thực tế không tiêu thụ tại Việt Nam được thực hiện theo quy định tại Điều 26 và Điều 130 Thông tư số 128/2013/TT-BTC. Hồ sơ gồm có: 01 bản chính công văn đề nghị xử lý tiền thuế nộp thừa trong đó nêu rõ số tiền thuế nộp thừa, tiền thuế thực tế đã nộp, lý do nộp thừa, cách đề nghị xử lý; 01 bản chính tờ khai hải quan nhập khẩu, xuất khẩu; 01 bản chụp các giấy tờ, tài liệu khác liên quan đến số tiền thuế nộp thừa; 01 bản chụp chứng từ nộp thuế và xuất trình bản chính để đối chiếu.

Đối với xăng, dầu nhiên liệu chứa trong phương tiện vận tải tự hành nhập cảnh, trị giá tính thuế đối với hàng hóa nhập khẩu là giá thực tế phải trả tính đến cửa khẩu nhập đầu tiên theo quy định tại Điều 12 Thông tư 205/2010/TT-BTC ngày 15/12/2010.

Giá tính thuế xăng, dầu nhiên liệu chứa trong phương tiện vận tải tự hành nhập khẩu vào Việt Nam là giá thực tế phải trả để mua nhiên liệu. Vì vậy, giá nhiên liệu ghi trên hóa đơn gần nhất do DN mua để phục vụ cho phương tiện vận tải tự hành nhập khẩu vào Việt Nam là cơ sở để xác định trị giá tính thuế theo quy định tại khoản 5 Điều 20 Thông tư 205/2010/TT-BTC.