Theo đó, Thông tư quy định các khoản thu từ hoạt động quản lý dự án của các chủ đầu tư gồm có: Khoản thu từ nguồn chi phí quản lý dự án tính trong tổng mức đầu tư của các dự án được giao nhiệm vụ quản lý và thực hiện theo quyết định của cấp có thẩm quyền. Kinh phí này được xác định bằng cách lập dự toán hoặc áp dụng định mức chi phí quản lý dự án theo quy định của Bộ Xây dựng.

Khoản thu từ các khoản phí được khấu trừ và để lại từ việc thực hiện các nhiệm vụ quản lý dự án như: Tổ chức thẩm định thiết kế cơ sở, thiết kế xây dựng; thẩm định dự toán xây dựng và các hoạt động khác theo quy định hiện hành.

Các khoản thu của Ban Quản lý dự án (BQLDA) chuyên ngành, BQLDA khu vực từ hoạt động dịch vụ tư vấn cho các chủ đầu tư, BQLDA khác như: Quản lý các dự án được các chủ đầu tư khác ủy nhiệm, ủy thác theo quy định tại Thông tư số 16/2016/TT-BXD ngày 30/6/2016 của Bộ Xây dựng về hướng dẫn thực hiện một số điều của Nghị định số 59/2015/NĐ-CP ngày 18/6/2015 của Chính phủ về hình thức tổ chức quản lý dự án đầu tư xây dựng; tổ chức lựa chọn nhà thầu, giám sát thi công, lắp đặt thiết bị, thẩm định, thẩm tra thiết kế, dự toán và các hoạt động tư vấn khác. Mức thu theo hợp đồng được ký kết, không trái với quy định của pháp luật...

Về đối tượng quản lý dự án được phân làm 2 nhóm. Trong đó, nhóm I gồm: Các chủ đầu tư do người quyết định đầu tư giao, BQLDA đầu tư xây dựng 1 dự án do chủ đầu tư quyết định thành lập theo quy định tại Điều 19 Nghị định số 59/2015/NĐ-CP.

Nhóm II gồm: BQLDA đầu tư xây dựng chuyên ngành; BQLDA đầu tư xây dựng khu vực do Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ở Trung ương, Chủ tịch UBND cấp tỉnh, cấp huyện thành lập theo quy định tại Khoản 7 Điều 1 Nghị định số 42/2017/NĐ-CP.

Chủ đầu tư, BQLDA nhóm I thực hiện việc lập dự toán, quyết toán thu chi theo quy định tại Mục 1 Chương II Thông tư này. BQLDA nhóm II thực hiện việc lập dự toán, quyết toán thu chi hàng năm theo quy định tại Mục 2 Chương II Thông tư này.

Về thực hiện nghĩa vụ với ngân sách nhà nước, BQLDA khu vực, BQLDA chuyên ngành có các khoản thu từ hoạt động dịch vụ tư vấn cho các chủ đầu tư, BQLDA khác và các khoản thu hợp pháp khác mà các khoản thu này không tính vào chi phí đầu tư của các dự án được giao nhiệm vụ quản lý, phải thực hiện đăng ký, nộp đầy đủ các loại thuế, phí và lệ phí theo quy định của pháp luật hiện hành về thuế, phí, lệ phí.

Bên cạnh đó, hàng năm sau khi trang trải các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp khác theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi thường xuyên (nếu có), BQLDA được trích lập tối thiểu 25% để lập Quỹ Phát triển hoạt động sự nghiệp. Đồng thời, được trích lập quỹ bổ sung thu nhập tối đa không quá 3 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương đối với cán bộ, công chức, viên chức do Nhà nước quy định.

Đối với quỹ khen thưởng, quỹ phúc lợi, mức trích đối với 2 quỹ này không quá 3 tháng tiền lương, tiền công bình quân thực hiện trong năm. Phần chêch lệch thu lớn hơn chi còn lại (nếu có) sau khi đã trích lập các quỹ theo quy định được bổ sung vào Quỹ Phát triển hoạt động sự nghiệp.

Kết thúc năm kế hoạch, trong thời hạn 90 ngày, kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm theo quy định của pháp luật, BQLDA lập báo cáo tài chính theo quy định của chế độ kế toán áp dụng cho đơn vị chủ đầu tư, đồng thời lập báo cáo quyết toán thu, chi trình cơ quan thẩm quyền theo quy định tại Khoản 1 Điều 21 phê duyệt để làm cơ sở lập dự toán năm sau.

Đối với các chi phí quản lý dự án của chủ đầu tư, BQLDA chưa được quyết toán của các năm trước do thực hiện quy định tại các Thông tư số 10/2011/TT-BTC, Thông tư số 17/2013/TT-BTC và Thông tư số 05/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính thay thế các thông tư trên thì không phải thực hiện quyết toán lại theo quy định tại Thông tư này.

Trường hợp các dự án đã lập báo cáo quyết toán dự án hoàn thành gửi cơ quan phê duyệt trước khi Thông tư này có hiệu lực thì việc lập báo cáo quyết toán thu, chi quản lý dự án được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 05/2014/TT-BTC và không phải xác định lại chi phí quản lý dự án theo giá trị được phân bổ tại Thông tư này.

Về quyết toán thu, chi quản lý dự án, khi kết thúc niên độ ngân sách hằng năm, chủ đầu tư, BQLDA lấy ý kiến xác nhận của cơ quan thanh toán để chậm nhất là ngày 28/2 năm sau lập báo cáo quyết toán thu, chi quản lý dự án theo Mẫu số 01/QT-QLDA. Chủ đầu tư tổ chức thẩm tra, phê duyệt quyết toán thu, chi quản lý dự án.

Chủ đầu tư, BQLDA quản lý một dự án có tổng mức đầu tư nhỏ hơn 15 tỷ đồng không phải lập và duyệt quyết toán thu, chi quản lý dự án hàng năm. Khi dự án được giao quản lý hoàn thành, chủ đầu tư, BQLDA lập báo cáo quyết toán chi phí quản lý dự án kèm theo chứng từ chi tiêu cùng hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành gửi cơ quan thẩm tra quyết toán phê duyệt theo quy định về quyết toán dự án hoàn thành thuộc nguồn vốn nhà nước.