Như vậy, có thể thấy giá xăng dầu của Việt Nam thấp hơn các nước trong khu vực. Lý do các nước trong khu vực cao hơn nước ta chủ yếu là do cơ cấu thuế, phícủa họ trong giá xăng dầu cao hơn vì xăng dầu nhập khẩu đều có giá chung của thế giới (ví dụ nếu nhập khẩu từ Singapore có giá Platt Singapore - giá giao dịch bình quân hàng ngày được công bố bởi Hãng tin Platt’s), điều kiện nhập khẩu xăng dầu của các nước trong khu vực, đặc biệt 3 nước có chung đường biên giới với Việt Nam về cơ bản như nhau, nhưng giá xăng của Việt Nam chỉ bằng 82,3% giá xăng của Campuchia, bằng 73,9% giá xăng của Thái Lan, bằng 71,4% giá xăng của Trung Quốc và chỉ bằng 55,6% giá xăng của Lào.

Thực hiện đường lối, chủ trương của Đảng, Nhà nước trong việc đẩy mạnh quá trình hội nhập kinh tế quốc tế. Đến nay Việt Nam đã ký kết 11 Hiệp định thương mại tự do trong và ngoài khu vực. Theo cam kết tại các Hiệp định thương mại tự do, các mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt đối với mặt hàng xăng dầu đang trong lộ trình giảm dần. Giai đoạn 2016 - 2020 là giai đoạn mà mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt đối với các mặt hàng xăng dầu được giảm mạnh, do việc đàm phán ký kết của từng Hiệp định tại các thời điểm khác nhau nên có các mức cam kết cắt giảm thuế suất khác nhau và vào các thời điểm khác nhau tùy theo từng Hiệp định. Theo đó, việc chênh lệch thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) và thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo các Hiệp định là tất yếu.

Trong 11 Hiệp định song phương, khu vực, có một số Hiệp định, mặt hàng xăng dầu thuộc danh mục “loại trừ” (không có nghĩa vụ cắt giảm), nhưng có một số Hiệp định đã được cắt giảm với mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt năm 2016 như sau:

Như vậy, mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN)của mặt hàng xăng dầu hiện đang cao hơn so với mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo các FTA này. Tuy nhiên, để được hưởng mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt thì hàng hoá nhập khẩu từ các nước này phải đảm bảo điều kiện về xuất xứ (C/O), về điều kiện vận chuyển... Thực tế thời gian qua, không phải tất cả hàng hoá đều nhập khẩu từ các nước có ký Hiệp định FTA, và cũng không phải tất cả hàng hoá nhập khẩu từ các nước có ký FTA đều được hưởng theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt.

Cụ thể trong năm 2015, số thuế (thuế nhập khẩu, thuế GTGT, thuế TTĐB) đã thu từ xăng dầu nhập khẩu là 35.923 tỷ đồng, nhưng thực tế số thuế hoàn theo chứng từ doanh nghiệp nộp bổ sung C/O mẫu D (theo Biểu thuế Atiga) là 3.502 tỷ đồng, chiếm 9,75% tổng số thuế đã nộp. Tuy nhiên, số liệu hoàn thuế nhập khẩu này chỉ là số liệu sơ bộ vì có thể tiếp tục được hoàn trong các tháng tiếp theo.

Nhằm giảm bớt chênh lệch giữa mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) với mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt từ các FTA của mặt hàng xăng dầu, theo quy định của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 48/2016/TT-BTC ngày 17/3/2016, với hiệu lực thi hành từ ngày 18/3/2016 (ngày công bố) quy định mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) đối với xăng dầu như sau:

-Xăng: Giữ nguyên mức 20%, vì mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo Biểu Atiga là 20%, chỉ có mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo Biểu Việt Nam-Hàn Quốc là 10%, nhưng là mức mới được quy định, thực tế xăng nhập khẩu từ Hàn Quốc chưa nhiều và chưa có thông tin về chứng nhận xuất xứ C/O đối với loại hàng hoá nhập khẩu này.

-Các mặt hàng dầu diezen, dầu hoả, mazut, nhiên liệu bay: Giảm từ 10% và 13% xuống 7%, vì thực tế hàng hoá nhập khẩu từ Singapore, Hàn Quốc về tới Việt Nam cần tốn thêm khoản chi phí về vận chuyển và bảo hiểm chiếm khoảng 6-7% giá xăng dầu nhập khẩu, tương đương với mức thuế nhập khẩu ưu đãi là 7%.

Việc quy định mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) đối với xăng dầu tại Thông tư số 48/2016/TT-BTC nêu trên, về cơ bản đã đảm bảo lợi ích của người tiêu dùng, doanh nghiệp và Nhà nước.

Ngoài ra, về mức thuế nhập khẩu trong cơ cấu giá cơ sở điều hành giá bán lẻ xăng dầu trong nước tính theo mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN), có ý kiến cho rằng tạo lợi nhuận cho doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau: Như nội dung đã trao đổi ở trên, không phải tất cả xăng dầu nhập khẩu đều được nhập khẩu từ các nước có ký các FTA, mà ngay cả hàng hoá nhập khẩu từ các nước có ký các FTA cũng không phải tất cả đều được hưởng mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo các FTA đó; ngoài ra hàng hoá nhập khẩu từ Singapore, Hàn Quốc về tới Việt Nam cần tốn thêm khoản chi phí về vận chuyển và bảo hiểm chiếm khoảng 6-7% giá xăng dầu nhập khẩu.

Tuy nhiên, do mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) cao hơn mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt tại một số FTA, mà mức thuế nhập khẩu tính trong giá cơ sở điều hành giá bán lẻ xăng dầu lại tính theo mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) đến thời điểm này không còn phù hợp.

Cùng với việc điều chỉnh giảm mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) đối với mặt hàng xăng dầu, Bộ Tài chính đã phối hợp với Bộ Công Thương có văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ, và đã được Thủ tướng Chính phủ đồng với phương án xác định mức thuế nhập khẩu tính trong giá cơ sở điều hành giá bán lẻ xăng dầu theo mức bình quân gia quyền của các Biểu thuế (MFN và FTA), tỷ trọng xăng dầu nhập khẩu từ các nước ký Biểu thuế FTA được xác định theo quý (dùng số liệu của quý trước để tính cho quý sau) do Tổng cục Hải quan tổng hợp, xác định qua hệ thống hải quan điện tử (đảm bảo tính chính xác, tin cậy).

Việc dùng mức thuế nhập khẩu bình quân gia quyền sẽ đảm bảo sát với thực tế hàng hoá nhập khẩu từ các nguồn khác nhau của doanh nghiệp xăng dầu, đảm bảo an ninh năng lượng quốc gia và đảm bảo lợi ích của người tiêu dùng, doanh nghiệp và Nhà nước.