Nghị định 87/2012/NĐ-CP bao gồm 17 điều với nội dung chính là quy định chi tiết một số điều của Luật Hải quan về thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thương mại.

Đặc biệt, điểm mới nổi bật của Nghị định 87/2012/NĐ-CP là ở Điều 4, Chương I, khi quy định người khai hải quan điện tử được thực hiện khai hải quan điện tử 24 giờ trong ngày, 7 ngày trong tuần và nhận thông tin phản hồi của cơ quan Hải quan trực tiếp qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Bên cạnh đó, người khai hải quan điện tử được ưu tiên thực hiện trước so với trường hợp đăng ký hồ sơ hải quan bằng giấy khi cơ quan Hải quan xác định phải kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa.

Cũng tại Điều 4, Chương I của bản Nghị định này còn quy định một số quyền lợi khác của người khai hải quan điện tử. Cụ thể, trong trường hợp thời gian khai hải quan là thời gian nghỉ theo quy định của pháp luật, nhưng thuộc diện phải nộp, xuất trình chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan để cơ quan Hải quan kiểm tra làm cơ sở thực hiện các thủ tục tiếp theo thì người khai hải quan được phản hồi kết quả chậm nhất 4 giờ kể từ thời điểm bắt đầu ngày làm việc kế tiếp. Bên cạnh đó, người khai hải quan điện tử được sử dụng chứng từ in ra từ Hệ thống khai hải quan điện tử (có đóng dấu và chữ ký của người khai hải quan điện tử) đối với lô hàng đã được cơ quan Hải quan chấp nhận thông quan trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để làm chứng từ vận chuyển hàng hóa trên đường.

Ngoài ra, người khai hải quan điện tử được lựa chọn hình thức nộp lệ phí hải quan và các loại phí do cơ quan Hải quan thu hộ các hiệp hội, tổ chức (nếu có) cho từng tờ khai hải quan hoặc nộp theo tháng.

Về phần nghĩa vụ phải thực hiện, cũng tại Điều 4, Chương I, Nghị định 87/2012/NĐ-CP quy định người khai hải quan điện tử có nghĩa vụ thực hiện việc lưu giữ chứng từ điện tử thuộc hồ sơ hải quan (bao gồm cả bản sao) theo quy định của Luật giao dịch điện tử và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan; cung cấp các chứng từ điện tử có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu cho cơ quan Hải quan để phục vụ công tác kiêm tra, thanh tra theo thẩm quyền.

Khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử, người khai hải quan điện tử phải sử dụng chữ ký số đã đăng ký với cơ quan Hải quan.

Trong giai đoạn chưa có chữ ký số thì được sử dụng tài khoản truy nhập Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Người khai hải quan có trách nhiệm bảo mật tài khoản để sử dụng khi giao dịch với cơ quan Hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và chịu trách nhiệm về các giao dịch điện tử theo quy định của pháp luật.

Hồ sơ hải quan điện tử gồm 2 thành phần: Tờ khai hải quan điện tử; Các chứng từ khác thuộc hồ sơ hải quan điện tử là những chứng từ được quy định tại Khoản 1, Điều 22 Luật Hải quan mà người khai hải quan phải nộp hoặc xuất trình cho cơ quan Hải quan.
 
Những chứng từ nói trên có thể ở dạng chứng từ giấy, chứng từ điện tử, chứng từ chuyển đổi từ chứng từ giấy sang dạng điện tử hoặc ngược lại. Chứng từ khác thuộc hồ sơ hải quan ở dạng điện tử hoặc chuyển đổi có giá trị để làm thủ tục hải quan điện tử như chính chứng từ đó ở dạng giấy trừ khi pháp luật có quy định khác.
Với việc ngành Hải quan nói riêng và Bộ Tài chính nói chung trong những năm qua đã không ngừng đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính thuế mà hải quan điện tử là một điểm sáng lớn, việc Nghị định 87/2012/NĐ-CP ra đời góp phần đưa Luật Hải quan phát huy hiệu quả cao hơn trong đời sống.
Kỳ vọng, kể từ ngày 01/01/2013 (khi Nghị định 87/2012/NĐ-CP) có hiệu lực thi hành, việc thực hiện Hải quan điện tử sẽ được nâng lên một bước phát triển mới, góp phần tiết kiệm chi phí cho doanh nghiệp, người dân.