Thông tư số 68/2019/TT-BTC bao gồm: 5 Chương, 27 Điều và 02 Phụ lục (Phụ lục 1: gồm 05 mẫu hiển thị của hóa đơn điện tử và Phụ lục 2: Mẫu Bảng tổng hợp  dữ liệu hóa đơn điện tử gửi cơ quan thuế). 

Bên cạnh việc kế thừa những quy định hợp lý từ Nghị định 119/2018/NĐ-CP, thông tư 68/2019/TT-BTC đã đưa ra một số quy định và hướng dẫn nhằm làm rõ một số khái niệm tại các văn bản quy phạm pháp luật liên quan và thực tế triển khai áp dụng hóa đơn điện tử. 

Theo đó, đối với những hóa đơn điện tử không có chữ ký của người mua cũng được Thông tư hướng dẫn rất cụ thể, được liệt kê hóa. Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho người nước ngoài, hóa đơn điện nước… sẽ không cần chữ ký của người mua; hoặc trong nội dung hóa đơn điện tử đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt  thực hiện theo từng phần, từng hạng mục công trình bàn giao; hoặc xây nhà để bán có thu tiền theo tiến độ thì không cần phải ghi cụ thể giá trị công trình hoàn thành bàn giao trên hóa đơn. 

Bên cạnh đó, trường hợp hóa đơn điện tử có sai sót như về địa chỉ, mặt hàng… nhưng không sai mã số thuế đã được Thông tư hướng dẫn cụ thể, giúp tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế.

Trong trường hợp này người bán trao đổi với người mua để sửa đổi nội dung ghi trên hóa đơn, đồng thời thông báo cho cơ quan thuế trên hệ thống, không phải lập lại hóa đơn điều chỉnh như quy định trước đây.

Đối với trường hợp ghi sai cả mã số thuế, thuế suất thì hai bên cùng trao đổi và thông báo với cơ quan thuế để hủy hóa đơn, lập lại hóa đơn mới…

Như vậy, có thể nói theo hướng dẫn của Thông tư số 68/2019/TT-BTC , việc xử lý hóa đơn có sai sót đối với hóa đơn điện tử được hướng dẫn cụ thể hơn trước đây rất nhiều, điều này vừa cải cách giảm thiểu thủ tục hành chính, nhưng cũng đảm bảo được tính chính xác của hóa đơn…

Cũng theo hướng dẫn của Thông tư số 68/2019/TT-BTC, các doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực điện lực; xăng dầu; bưu chính viễn thông; vận tải hàng không, đường bộ, đường sắt, đường biển, đường thủy; nước sạch; tài chính tín dụng; bảo hiểm; y tế; kinh doanh thương mại điện tử; kinh doanh siêu thị… sẽ áp dụng Hợp đồng điện tử không có mã của cơ quan thuế.

Thông tư số 68/2019/TT-BTC cũng quy định rõ các trường hợp có rủi ro về thuế sẽ bắt buộc sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.

Cụ thể, đó là doanh nghiệp có vốn chủ sở hữu dưới 15 tỷ đồng, không chứng minh được quyền sở hữu tài sản hợp pháp ( nhà máy, xưởng sản xuất, kho hàng, phương tiện vận tải, cửa hàng …); Doanh nghiệp kinh doanh trong lĩnh vực khai thác đất, đá, cát, sỏi; Doanh nghiệp có giao dịch qua ngân hàng đáng ngờ theo quy định của pháp luật về phòng, chống rửa tiền; Doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn điện tử có sự thay đổi địa chỉ kinh doanh từ 2 lần trở lên trong vòng 12 tháng mà không khai báo theo quy định hoặc không kê khai, nộp thuế ở nơi đăng ký mới theo quy định…

Đây là những tiêu chí rất cụ thể để xác định doanh nghiệp nào thuộc đối tượng rủi ro cao về thuế, từ đó cơ quan thuế thông báo cho doanh nghiệp sẽ phải sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế ngay từ đầu. Theo các chuyên gia, quy định này rất cụ thể, rõ ràng để các doanh nghiệp thực hiện, tránh những vướng mắc sau này.