Theo dự toán kinh phí năm 2008 được Quốc hội phê chuẩn, ngân sách Trung ương (NSTW) đã cân đối 1.000 tỷ đồng để hỗ trợ các địa phương cấp kinh phí cho các đơn vị quản lý khai thác công trình thuỷ lợi do miễn thu thuỷ lợi phí. Đến nay, Bộ Tài chính đã phân bổ kinh phí hỗ trợ từ NSTW cho các địa phương và đã chuyển tiền hầu hết cho các địa phương.
Như vậy, thực hiện Nghị định số 154/2007/NĐ-CP ngày 15/10/2007 Chính phủ, NSNN chi ra một lượng không lớn nhưng đã làm cho trên 50 triệu người nông dân hào hứng, phấn khởi, các đơn vị làm nhiệm vụ quản lý và khai thác công trình thuỷ lợi tiết kiệm được chi phí cho công tác thu thuỷ lợi phí, chủ động được nguồn kinh phí trong các lĩnh vực như duy tu, sửa chữa, bảo dưỡng... công trình thuỷ lợi đồng thời tạo chủ động phục vụ tốt công tác tưới tiêu nước cho sản xuất nông nghiệp.
Việc thu thuỷ lợi phí của các địa phương những năm trước đây thường tiến hành vào cuối vụ thu hoạch (tháng 6-7 và tháng 11-12 hàng năm). Đối với năm 2008, Bộ Tài chính đã thực hiện ứng trước ngay từ tháng 1 nên đã tạo điều kiện cho các đơn vị triển khai các kế hoạch sửa chữa, nạo vét kênh mương, phục vụ kịp thời cho sản xuất nông nghiệp.
Để chính sách miễn thuỷ lợi phí đem lại hiệu quả hơn nữa, một số nội dung sau đây đang được xem xét sửa đổi, bổ sung:

Về phạm vi được miễn thuỷ lợi phí
Theo chính sách hiện hành (quy định tại Nghị định số  154/2007/NĐ-CP), chỉ diện tích tưới tiêu từ các công trình thuỷ lợi được xây dựng bằng nguồn vốn NSNN mới được miễn thuỷ lợi phí và cũng chỉ thực hiện miễn thuỷ lợi phí từ vị trí cống đầu kênh của tổ chức hợp tác dùng nước đến đầu mối, còn phí thuỷ lợi nội đồng (tính từ cống đầu kênh của tổ chức hợp tác dùng nước đến mặt ruộng) vẫn thực hiện thu để duy trì hoạt động của các tổ chức hợp tác dùng nước. Đối với diện tích tưới tiêu các công trình thuỷ lợi xây dựng bằng vốn không phải của ngân sách và đang thu thuỷ lợi phí theo thoả thuận giữa các đơn vị thuỷ nông với các hộ dùng nước thì không được miễn.
Quy định như trên nảy sinh nhiều hệ quả không phù hợp, chẳng hạn, cùng một gia đình, cùng canh tác một cánh đồng nhưng nếu nguồn đầu tư khác nhau thì được hưởng chính sách thuỷ lợi phí khác nhau (mảnh ruộng được hưởng lợi từ các công trình thuỷ lợi do Nhà nước đầu tư thì được miễn thuỷ lợi phí, đồng thời được Nhà nước cấp bù tiền miễn thuỷ lợi phí để các đơn vị làm nhiệm vụ quản lý khai thác công trình duy tu bảo dưỡng và vận hành các công trình; còn mảnh ruộng được hưởng lợi từ các công trình thuỷ lợi do các cá nhân đầu tư hoặc bằng các nguồn vốn khác như Nhà nước và dân cùng làm, các hợp tác xã huy động sức dân để xây dựng công trình hoặc nhà nước hỗ trợ một phần kinh phí để xây dựng công trình thuỷ lợi... thì không thuộc đối tượng miễn thuỷ lợi phí).
Như vậy, thực tế phát sinh hiện tượng vùng vừa được Nhà nước đầu tư xây dựng công trình thuỷ lợi vừa được Nhà nước miễn thuỷ lợi phí, vùng người dân tự bỏ tiền đầu tư xây dựng công trình thuỷ lợi thì lại không được miễn. Làm như vậy gây sự mất công bằng lớn đối với người dân trong các vùng hưởng lợi, không khuyến khích người  dân tham gia đầu tư, quản lý công trình thuỷ lợi. Cũng cần lưu ý rằng, những đối tượng không được hưởng chính sách thường ở những vùng khó khăn, thu nhập thấp. Do đó, để loại bỏ sự bất công bằng nêu trên, dự thảo chính sách mới quy định lại phạm vi điều chỉnh của chính sách theo hướng bổ sung diện tích tưới tiêu từ các công trình được đầu tư bằng các nguồn vốn vào diện miễn thuỷ lợi phí. Riêng phần phí thuỷ lợi nội đồng vẫn tiếp tục thu để duy trì hoạt động của các tổ chức hợp tác dùng nước và cũng nhằm khuyến khích người sử dụng nước tiết kiệm, tránh lãng phí.

Về mức cấp bù thuỷ lợi phí
Mức cấp bù thuỷ lợi phí cho các địa phương được căn cứ vào mức thu thuỷ lợi phí do Uỷ ban nhân dân tỉnh quyết định theo khung mức thu thuỷ lợi phí quy định tại Nghị định số 143/2003/NĐ-CP ngày 28/11/2003 của Chính phủ. Do mức thuỷ lợi phí được quy định theo khung nên trong thực tế các địa phương quy định mức thu thuỷ lợi phí rất khác nhau. Điều này dẫn đến bất cập trong việc cấp bù kinh phí do miễn thuỷ lợi phí như sau:
Địa phương quy định thuỷ lợi phí ở mức cao thì ngân sách địa phương phải chi ít và được ngân sách Trung ương hỗ trợ nhiều. Ngược lại, địa phương  quy định mức thu thấp (thường là các tỉnh nghèo) nhằm để hỗ trợ cho người dân thì ngân sách trung ương hỗ trợ ít và ngân sách địa phương phải chi nhiều.
Mức thuỷ lợi phí của các địa phương quy định thường ở mức thấp của khung quy định tại Nghị định số 143/2003/NĐ-CP nên chưa bảo đảm kinh phí  cho các đơn vị thuỷ nông hoạt động, nhất là kinh phí cho việc duy tu, bảo dưỡng công trình thuỷ lợi. Mặt khác mức thu thuỷ lợi phí theo Nghị định số 143/2003/NĐ-CP được xây dựng trên cơ sở tiền lương và giá cả của giai đoạn 2001-2002 (với mức lương tối thiểu 210.000 đồng/tháng). Đến nay tiền lương tối thiểu tăng hơn 3 lần, giá cả một số hàng hoá, dịch vụ đã tăng nhiều lần (nhất là giá xăng, dầu) nên các đơn vị làm nhiệm vụ quản lý  khai thác công trình thuỷ lợi gặp nhiều khó khăn, không có đủ kinh phí để duy tu, sửa chữa thường xuyên công trình, kênh mương, thu nhập của cán bộ, công nhân viên cũng ở mức thấp.

Quay trở lại những quy định trước đây, khi Nghị định số 112-HĐBT ngày 25/8/1984 của Hội đồng Bộ trưởng về việc thu thuỷ lợi phí bằng thóc với mức thu từ 3,5- 8% giá trị sản lượng, thì mức thu thuỷ lợi phí toàn quốc bằng khoảng 600.000 tấn thóc. Mức thu thuỷ lợi phí quy ra thóc khi đó nếu tính theo thời giá thóc năm 2008 là 5.000 đồng tương đương khoảng 3.000 tỷ đồng năm 2008. Đáng nói hơn nữa là khoản 3000 tỷ đồng này chỉ để đảm bảo duy tu sửa chữa vận hành các công trình thuỷ lợi, còn khi đó ngân sách Trung ương vẫn phải hàng năm cấp bù hàng chục tỷ đồng để chi bơm nước tiêu úng.
Trong khi đó, theo Nghị định số 143/2003/NĐ-CP ngày 28/11/2003 của Chính phủ quy định thì mức thu cố định trong khung thực hiện thu bằng tiền và năm 2008, tổng khoản chi được Quốc hội phê chuẩn là 1.000 tỷ đồng cho công tác miễn thuỷ lợi phí.
Như vậy, chỉ nhìn qua những con số cũng đủ thấy rằng việc cấp bù miễn thuỷ lợi phí hiện nay không thể bù đắp được cho việc duy tu, bảo dưỡng vận hành các công trình thuỷ lợi. Do đó, để đảm bảo duy trì hoạt động thường xuyên của các công trình thuỷ lợi, dự thảo lần này dựa trên mức tăng tiền lương, tỷ lệ tăng giá của các mặt hàng như xăng, dầu, điện từ năm 2002 và dự báo năm 2009, cùng cơ cấu chi phí của các công ty quản lý khai thác công trình thuỷ lợi. Bộ Tài chính dự định mức thu mới sẽ là một mức thu cố định trên cơ sở mức thu bình quân thấp của Nghị định số 143/2003/NĐ-CP (gấp 2,31 so với mức thu bình quân thấp này) và được phân chia theo 07 vùng kinh tế theo Nghị định số 143/2003/NĐ-CP. Mức thu mới này cũng chính là cơ sở cho việc cấp bù thuỷ lợi phí được miễn. 

Về việc cấp bù kinh phí do miễn thu thuỷ lợi phí
Để đảm bảo công bằng, tới đây chính sách sẽ điều chỉnh theo hướng: Đối với các công trình đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước thì ngân sách nhà nước cấp bù 100% theo mức thu thủy lợi phí do Nhà nước quy định; Đối với các công trình đầu tư bằng nguồn vốn ngoài ngân sách nhà nước hiện đang thu thuỷ lợi phí theo thoả thuận giữa đơn vị thuỷ nông với các hộ dùng nước, ngân sách Nhà nước cấp bù 100% theo mức thoả thuận giữa đơn vị thuỷ nông với các hộ dùng nước đã được Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh chấp thuận. Ngân sách Trung ương cấp hỗ trợ tối đa bằng 1,2 lần mức cấp bù cho các công trình đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước. Khoản chênh lệch giữa khoản cấp bù ngân sách trung ương và chấp nhận của UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương thì ngân sách địa phương chịu trách nhiệm chi trả.

Về việc phân cấp ngân sách khi thực hiện chính sách miễn thuỷ lợi phí
Để đảm bảo thuận lợi cho việc triển khai chính sách cấp bù kinh phí cho công tác miễn thuỷ lợi phí, tới đây quy định về phân cấp ngân sách sẽ được điều chỉnh như sau:
Ngân sách Trung ương thực hiện cấp bù kính phí do miễn thuỷ lợi phí cho các  đơn vị quản lý thuỷ nông trung ương; các địa phương không có điều tiết nguồn thu về Ngân sách Trung ương (hỗ trợ 100% số kinh phí miễn thu thuỷ lợi phí, riêng số thuỷ lợi phí thu theo thoả thuận mức hỗ trợ nhiều nhất bằng 1,2 lần mức thu theo quy định của Nhà nước); các địa phương có điều tiết về Ngân sách Trung ương dưới 50% (hỗ trợ 50% số kính phí miễn thu thuỷ lợi phí); trợ cấp, trợ giá và các khoản hỗ trợ tài chính đối với các đơn vị quản lý thuỷ nông trung ương để xử lý nợ đọng thuỷ lợi phí và các khoản lỗ do nguyên nhân khách quan.
Ngân sách địa phương thực hiện: Cấp bù kinh phí do miễn thuỷ lợi phí cho các đơn vị quản lý thuỷ nông địa phương (đối với những tỉnh, thành phố có điều tiết nguồn thu về NSTW); cấp bù số thuỷ lợi phí thu theo thoả thuận vượt mức 1,2 lần số thu theo quy định của Nhà nước; trợ cấp, trợ giá và các khoản hỗ trợ tài chính đối với các đơn vị quản lý thuỷ nông địa phương để xử lý nợ đọng thuỷ lợi phí và các khoản lỗ do nguyên nhân khách quan.
Dự kiến khi áp dụng những nội dung điều chỉnh chính sách cấp bù cho miễn thuỷ lợi phí mới nêu trên, kinh phí cấp bù từ ngân sách Trung ương từ năm 2009 sẽ đạt khoảng  3.519 tỷ đồng/năm. Hy vọng rằng dự thảo Nghị định thay thế Nghị định số 154/2007/NĐ-CP ngày 15/10/2007 của Chính phủ thể hiện được toàn diện những nội dung mới để chính sách miễn thuỷ lợi phí sẽ thực sự đem lại hiệu quả thực tế và lâu dài, tạo điều kiện thuận lợi cho các đơn vị quản lý khai thác công trình thuỷ lợi hoạt động, đảm bảo sự công bằng trong chính sách miễn thuỷ lợi phí cho nông dân. Nhờ đó, người nông dân an tâm phấn khởi trong sản xuất, tăng cường đầu tư vào sản xuất nông nghiệp, xã hội hoá công tác thuỷ lợi, thực hiện tốt chính sách tam nông của Đảng và nhà nước.