Theo đánh giá của Vụ Hành chính sự nghiệp (Bộ Tài chính), việc thực hiện theo NĐ 130 và NĐ 117 về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đã góp phần thúc đẩy các cơ quan nhà nước sắp xếp lại tổ chức bộ máy, bố trí, sử dụng cán bộ công chức phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức.

Thông qua đó, Nhà nước đã tiết kiệm được số lượng lớn biên chế chưa tuyển. Theo thống kê, năm 2016 cả nước đã tiết kiệm được gần 13.000 biên chế, trong đó cấp trung ương là 3.400, địa phương 9.497. Trên cơ sở đó, các đơn vị đã tiết kiệm được chi phí để tăng thêm thu nhập cho cán bộ công chức. Đến nay, hầu hết các cơ quan đã xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ và quản lý tài sản công. Một số cơ quan đã quy định cụ thể việc phân phối tiền thu nhập tăng thêm đối với cán bộ, công chức trên cơ sở đánh giá, phân loại chất lượng công tác. 

Ở góc độ địa phương, ông Hồ Xuân Phước - Phó Giám đốc Sở Tài chính Đắk Lắk chia sẻ, việc giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đã thúc đẩy các đơn vị chủ động, sáng tạo trong việc sắp xếp lại bộ máy nhân sự, bố trí sử dụng cán bộ phù hợp, qua đó ý thức trách nhiệm về tiết kiệm được nâng lên. Trong khi đó, việc thực hiện chế độ tự chủ về tài chính đã giúp các đơn vị chủ động trang bị cơ sở vật chất.

Hiện một số đơn vị ở Đắk Lắk đã thực hiện cơ chế khoán văn phòng phẩm, công tác phí, điện thoại nhà riêng, di động. Theo thống kê năm 2015, số tiền tiết kiệm được sau khi thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm về kinh phí quản lý hành chính là hơn 3,6 tỷ đồng, năm 2016 là hơn 4 tỷ đồng. Tuy nhiên, việc giao quyền tự chủ về bộ máy, biên chế chưa được phân cấp rõ nên quá trình triển khai chưa thực sự mang lại hiệu quả. Nguồn thu của từng đơn vị sự nghiệp không đồng đều, dẫn tới tình trạng mất công bằng về thu nhập giữa các cán bộ công chức.

Đánh giá của Vụ Hành chính sự nghiệp cũng cho thấy, do định mức phân bổ NSNN còn thấp, trong khi các cơ quan hành chính không có nguồn thu khác, nên nhiều đơn vị không có kinh phí bổ sung thu nhập cho cán bộ. Thậm chí, tại một số đơn vị vẫn chi thu nhập tăng thêm theo hình thức cào bằng. Mặt khác, hầu hết các cơ quan, đơn vị vẫn chưa được phê duyệt vị trí việc làm và cơ cấu ngạch công chức, do vậy việc giao kinh phí vẫn dựa vào biên chế được cấp. 

Để giải quyết những khó khăn vướng mắc này, theo ông Phạm Văn Trường- Vụ trưởng Vụ Hành chính sự nghiệp, thời gian tới sẽ triển khai việc xác định vị trí việc làm gắn với chức danh, chức vụ, cơ cấu công chức theo ngạch. Theo đó, cơ quan nào đã xác định rõ vị trí, việc làm, đủ biên chế công chức, thì không được thực hiện cơ chế khoán biên chế.

Đến sau năm 2020, khi thu nhập của cán bộ, công chức từ lương đạt mức trung bình khá trên thị trường lao động, sẽ dừng thực  hiện cơ chế sử dụng kinh phí tiết kiệm để chi tăng thu nhập. Đồng thời, khi chiến lược đầu tư cơ sở vật chất, đào tạo nguồn nhân lực của các bộ, ngành đến năm 2020 đạt mục tiêu, sẽ không thực hiện cơ chế tài chính đặc thù riêng đối với một số ngành như hiện nay, mà chuyển sang thực hiện cơ chế quản lý tài chính chung đối với tất cả các cơ quan quản lý nhà nước.