Theo đó, đối với trường hợp kết quả giải quyết khiếu nại lần đầu, lần hai của người nộp thuế là không công nhận, Tổng cục Thuế đề nghị các cục thuế tăng cường công tác tuyên tuyền, phổ biến chính sách pháp luật và hỗ trợ người nộp thuế; đồng thời xem xét, làm rõ trách nhiệm của bộ phận tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế để thúc đẩy công tác tuyên truyền, hỗ trợ trên địa bàn.

Trong công văn gửi tới các cục thuế cũng nêu rõ, đối với trường hợp kết quả giải quyết khiếu nại lần đầu, lần hai của người nộp thuế mà không công nhận, công nhận một phần hoặc tòa xử thua kiện thì lãnh đạo cơ quan thuế phải tổ chức cuộc họp các bộ phận có liên quan để làm rõ nguyên nhân như: Do vướng mắc về chính sách, pháp luật thuế; hay do vướng mắc mang tính chuyên ngành, đặc thù; hoặc do lỗi chủ quan của đoàn thanh tra, kiểm tra thuế hoặc bộ phận thụ lý hồ sơ khiếu nại trong việc áp dụng các văn bản quy phạm pháp luật về thuế.

Trường hợp qua xem xét, kiểm điểm trách nhiệm đến mức phải xử lý kỷ luật thì các cơ quan thuế phải thực hiện đúng quy định tại Nghị định số 34/2011/NĐ-CP của Chính phủ quy định về kỷ luật đối với công chức.

Trường hợp phát hiện hành vi tham nhũng, vụ lợi đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự, Tổng cục Thuế yêu cầu các cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang cơ quan công an để điều tra, xử lý theo quy định đối với các cán bộ thuế.

Với lỗi cố ý dẫn đến xử lý oan sai, gây thiệt hại cho các tổ chức, cá nhân thì cơ quan thuế, công chức thuế phải bồi thường theo quy định tại Luật Trách nhiệm bồi thường của nhà nước.