Thông thường đối với các khoản thuế GTGT, doanh nghiệp đã nộp ở khâu nhập khẩu, đến kỳ báo cáo thuế hàng tháng doanh nghiệp đều được kê khai khấu trừ tại cơ quan Thuế nộp địa.

Sau đó, nếu có phát sinh các nghiệp vụ sửa tờ khai hải quan như doanh nghiệp nộp C/O để hưởng ưu đãi thuế suất thuế ưu đãi đặc biệt hoặc trường hợp hàng hóa là dầu thô, xăng dầu, quặng, do có thỏa thuận cơ chế giá được xác định sau giao hàng và khi có giá chính thức thì giá này giảm so với giá tạm tính khi đăng đăng ký tờ khai hải quan… thì doanh nghiệp khi thực hiện các nghiệp vụ sửa tờ khai hải quan, sẽ dẫn đến phát sinh thừa số tiền thuế GTGT ở khâu nhập khẩu.

Khi đó, theo quy định hiện hành, doanh nghiệp có quyền yêu cầu cơ quan Hải quan thực hiện hoàn trả số tiền thuế GTGT nộp thừa này. Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp đã khấu trừ thuế GTGT đầu vào trước đó tại cơ quan Thuế nội địa rồi nhưng vẫn thực hiện quyền hoàn GTGT thừa này tại cơ quan Hải quan một lần nữa thì rất dễ dẫn đến rủi ro là doanh nghiệp hoàn (khấu trừ) 2 lần cho một khoản thuế GTGT đã nộp vào ngân sách nhà nước (1 lần khấu trừ tại cơ quan Thuế và 1 lần hoàn thừa tại cơ quan Hải quan).

Theo Khoản 4 Điều 132 Thông tư só 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 sửa đổi, bổ sung một số điều Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính qui định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thì: “Đối với tiền thuế GTGT được hoàn theo quy định tại khoản 2 Điều này, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai với cơ quan Thuế nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế GTGT đã được cơ quan Hải quan hoàn theo quy định của pháp luật. Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan Hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan Thuế.”

Tuy nhiên, việc thực hiện kê khai này dựa hoàn toàn vào ý thức chấp hành pháp luật của doanh nghiệp, cơ chế thông tin giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan sau khi có quyết định hoàn thuế chưa thực sự có độ tin cậy cao, dễ thiếu sót, thất lạc. Cùng là thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu tại cơ quan Hải quan nhưng các doanh nghiệp khác nhau lựa chọn cách xử lý khác nhau.

Trong khi nhiều doanh nghiệp phát sinh thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu hiện này đều không xin hoàn tại cơ quan Hải quan mà chỉ thực hiện khấu trừ trực tiếp tại cơ quan Thuế. Nhưng vẫn có không ít trường hợp chọn thực hiện quyền hoàn GTGT thừa tại cơ quan Hải quan rồi điều chỉnh với cơ quan Thuế (do trước đó đã khấu trừ).

Trường hợp vì bất kỳ lý do cố ý hay vô ý nào mà sau khi hoàn thuế GTGT nộp thừa tại cơ quan Hải quan nhưng doanh nghiệp không thực hiện kê khai với cơ quan Thuế nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế GTGT đã được cơ quan Hải quan hoàn theo quy định của pháp luật thì đều dẫn đến rủi ro rất lớn trong công tác quản lý thuế đó là một khoản thuế GTGT nộp thừa tại cơ quan Hải quan nhưng được trả về cho doanh nghiệp đến 2 lần (1 lần dưới hình thức khấu trừ tại cơ quan Thuế và 1 lần dưới hình thức hoàn tiền trực tiếp tại cơ quan Hải quan).

Để đảm bảo thực hiện đúng quy định của pháp luật, quản lý chặt chẽ, tránh các rủi ro do những yếu tố khách quan, chủ quan liên quan đến việc hoàn thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu, cơ quan Hải quan cần tăng cường hơn nữa công tác kiểm tra sau thông quan đối với các tờ khai có thực hiện hoàn thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu.

Đồng thời, xem xét, hoặc là sớm có cơ chế tin cậy hay nâng cấp hệ thống trao đổi thông tin giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế về vấn đề này theo hướng tích hợp việc kiểm tra, theo dõi dữ liệu hoàn thuế GTGT của doanh nghiệp, tránh trường hợp doanh nghiệp hoàn thuế GTGT thừa tại cơ quan Hải quan nhưng không điều chỉnh khoản khấu trừ tại cơ quan Thuế nội địa, giảm thiểu rủi ro hoàn thuế 2 lần cho một khoản thuế GTGT thừa.

Hoặc cũng có thể là sửa đổi văn bản thống nhất như các quy định trước đây là chỉ cơ quan Thuế mới có thẩm quyền hoàn thuế GTGT (kể cả thuế GTGT thừa ở khâu nhập khẩu). Điều này sẽ giúp nâng cao hiệu quả công tác quản lý thuế tại cơ quan Hải quan cũng như tránh tạo sơ hở để dẫn đến các hành vi vi phạm pháp luật liên quan.