Theo Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế Bùi Văn Nam, năm 2014, toàn ngành Thuế sẽ tập trung thanh tra các doanh nghiệp (DN) có hoạt động liên kết, chuyển giá, kinh doanh thương mại điện tử, đặc biệt chú trọng các DN có rủi ro cao về thuế (kinh doanh hàng nông sản thực phẩm, cà phê,... xuất khẩu qua đường biên giới đất liền)...

Trong năm 2013, cơ quan Thuế đã thanh tra, kiểm tra các DN lỗ, các DN có dấu hiệu chuyển giá. Đến nay đã thực hiện thanh tra, kiểm tra 1.965 DN lỗ, DN  có dấu hiệu chuyển giá; tổng số thuế truy thu, phạt và truy hoàn là 963,4 tỷ đồng; giảm lỗ là 3.902,3 tỷ đồng và giảm khấu trừ là 132,2 tỷ đồng. Qua đó đã tăng cường kỷ cương, kỷ luật trong thực hiện pháp luật về thuế, đồng thời góp phần nâng cao tính tự giác trong việc chấp hành nghĩa vụ thuế của các DN, nhất là các DN có vốn đầu tư nước ngoài.

Cơ quan Thuế các cấp đã chuyển cho cơ quan Công an 791 hồ sơ vụ việc có các dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế và cung cấp thông tin theo yêu cầu của cơ quan Công an là 1.379 vụ việc. Trên cơ sở đó, cơ quan Công an đã tiến hành khởi tố 17 DN và bắt giữ 22 đối tượng vi phạm pháp luật về thuế, buôn bán hoá đơn bất hợp pháp (trong đó, có 1 đối tượng tại Đắk Lắk; 2 đối tượng tại Đồng Nai, 4 đối tượng tại Gia Lai và Bình Định, 4 đối tượng tại Lâm Đồng, 3 đối tượng tại TP. Hồ Chí Minh, 4 đối tượng là người Việt Nam tại Campuchia, 4 đối tượng tại Kiên Giang).

Cơ quan Thuế các cấp đã đi sâu vào thanh tra, kiểm tra những lĩnh vực mang tính thời sự, những vấn đề nóng, có nhiều bức xúc, có rủi ro cao về thuế và được dư luận xã hội quan tâm như: Lĩnh vực thương mại điện tử, kinh doanh qua mạng, giao dịch liên kết... Triển khai thanh tra, kiểm tra đối với các đơn vị có quy mô lớn, trong đó tập trung các tập đoàn, tổng công ty, các ngân hàng thương mại.

Theo đó, kế hoạch thanh tra, kiểm tra cũng rất cụ thể, linh hoạt, vừa thực hiện những cuộc thanh tra toàn diện theo đối tượng để đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế, vừa tổ chức các cuộc thanh tra theo chuyên đề, chuyên sâu, trong đó có chuyên đề quản lý, sử dụng hoá đơn, hoàn thuế Giá trị gia tăng, kinh doanh hàng nông sản, hàng xuất khẩu qua biên giới đất liền…

Song song với quá trình triển khai nhiệm vụ thanh kiểm tra, còn chú trọng đến việc cải cách, hiện đại hoá thông qua việc nghiên cứu, phát triển rộng rãi các ứng dụng công nghệ thông tin để hỗ trợ công tác thanh tra, kiểm tra đảm bảo thực hiện theo cơ chế quản lý rủi ro nhằm mang lại hiệu quả ngày càng cao hơn.

Kết quả trong năm 2013 cơ quan Thuế đã thanh tra, kiểm tra được 60.273 DN, đạt 83,2% kế hoạch năm, bằng 101,4% so với năm 2012. Tổng số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là 13.186,5 tỷ đồng, bằng 99,7% so với năm 2012; giảm khấu trừ là 904 tỷ đồng, bằng 106,3% năm 2012; giảm lỗ là 11.430 tỷ đồng, bằng 76,8% so cùng kỳ. Số tiền thuế nộp vào ngân sách qua thanh tra, kiểm tra là 9.255 tỷ đồng, bằng 70,2% tổng số kết luận tăng thu và bằng 122% so với cùng kỳ.