Theo Bộ Tài chính, sau một thời gian tổ chức hướng dẫn và theo dõi giám sát cho thấy các địa phương đã thực hiện đúng quy định của pháp luật. Cụ thể, các địa phương đã chấp hành tốt các quy định của Nhà nước trên các phương diện như: Ban hành các loại phí, lệ phí theo Danh mục các loại phí, lệ phí đã được phân cấp; Mức thu phí, lệ phí thực hiện trong khung mức thu của Bộ Tài chính hướng dẫn; Ban hành theo thẩm quyền, theo đó HĐND cấp tỉnh là cơ quan quyết định, trên cơ sở đề xuất của UBND cấp tỉnh. Nhờ đó, đã góp phần cải cách hành chính trong việc xây dựng, ban hành văn bản và công tác thu nộp, quản lý sử dụng phí sát với thực tế hơn, giải quyết kịp thời các yêu cầu phát sinh tại địa phương.

Ngoài 20 khoản phí Chính phủ đã phân cấp cho HĐND cấp tỉnh quy định tại Nghị định 57/2002/NĐ-CP, trong quá trình thi hành Pháp lệnh phí, lệ phí, Chính phủ còn phân cấp thêm cho địa phương quyết định mức thu và quản lý, sử dụng đối với các khoản phí khác, như: Thuỷ lợi phí, học phí, viện phí, phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt, lệ phí đăng ký thế chấp quyền sử dụng đất…

Đồng thời, Bộ Tài chính đã trình Chính phủ tiếp tục đẩy mạnh phân cấp thẩm quyền ban hành văn bản quy định về phí, lệ phí cho chính quyền cấp tỉnh (theo Nghị quyết số 08/2004/NQ-CP ngày 30/6/2004 của Chính phủ). Tại Nghị định số 24/2006/NĐ-CP ngày 06/3/2006 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 57/2002/NĐ-CP, Chính phủ tiếp tục phân cấp cho địa phương quy định thêm đối với 7 khoản phí và 11 khoản lệ phí. Ngày 16/10/2006, Bộ Tài chính cũng đã ban hành Thông tư số 97/2006/TT-BTC (thay thế cho Thông tư số 71/2003/TT-BTC) hướng dẫn cụ thể về phạm vi, đối tượng áp dụng, nguyên tắc xác định mức thu và quản lý, sử dụng tiền phí, lệ phí thu được đối với các khoản phí, lệ phí phân cấp cho địa phương quy định. Nhìn lại hơn 7 năm triển khai thực hiện Thông tư số 97/2006/TT-BTC, các địa phương đã thu được một số kết quả cụ thể như sau:

Một là, các địa phương đều nghiêm túc thực hiện đúng quy trình xây dựng, ban hành các quyết định về phí, lệ phí; Thực hiện việc đăng ký, kê khai, thu nộp, sử dụng phí, lệ phí đúng quy định. Số tiền phí, lệ phí nộp NSNN ngày càng tăng, năm sau cao hơn năm trước, đã góp phần quan trọng vào phát triển kinh tế xã hội của địa phương.

Hai là, đảm bảo sự thống nhất cơ bản về mức thu phí, lệ phí thuộc thẩm quyền của HĐND cấp tỉnh, góp phần ổn định và tạo thuận lợi cho các địa phương chủ động quy định về phí, lệ phí theo thẩm quyền.

Ba là, nguồn thu từ phí và lệ phí là nguồn bổ sung để thực hiện cải cách tiền lương theo quy định, đồng thời góp phần bảo đảm một phần kinh phí phục vụ công tác quản lý hành chính nhà nước và thực hiện chủ trương xã hội hóa trong các đơn vị sự nghiệp ở các địa phương trong cả nước.

Triển khai thực hiện Chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính cũng đã phối hợp với các Bộ, ngành và địa phương rà soát, bãi bỏ trên 340 khoản phí, lệ phí trước đây ban hành không đúng quy định, đồng thời kịp thời ban hành các văn bản quy định về phí, lệ phí theo thẩm quyền, bảo đảm đúng quy định trong Danh mục, đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội. Đối với các loại phí có quy định khung mức tối đa, Bộ Tài chính cũng đã có quy định theo hướng tạo chủ động cho địa phương trong việc điều chỉnh mức phí đó là, khi chỉ số giá tiêu dùng biến động trên 20% thì HĐND cấp tỉnh có thể quyết định mức tăng phí, không vượt quá mức tăng của chỉ số giá tiêu dùng.

Để phù hợp với tình hình phát triển kinh tế - xã hội tại các địa phương, mới đây Bộ Tài chính cũng đã ban hành Thông tư số 02/2014/TT-BTC ngày 02/01/2014 hướng dẫn về phí, lệ phí thuộc thẩm quyền của quyết định của HĐND, UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, thay thế Thông tư số 97/2006/TT-BTC. Trong đó, Thông tư này cũng đã quy định rõ về việc quản lý, sử dụng tiền phí, lệ phí thu được, cụ thể: Nếu là khoản thu phí thuộc NSNN thì HĐND cấp tỉnh quyết định tỷ lệ phần trăm trích lại cho đơn vị thu phí (đối với trường hợp đơn vị thu phí được ủy quyền thu phí ngoài chức năng nhiệm vụ thường xuyên hoặc chưa được NSNN bảo đảm kinh phí cho hoạt động thu phí) để trang trải chi phí cho việc thu phí; Mọi khoản lệ phí thu được đều là khoản thu thuộc NSNN. Trong trường hợp ủy quyền thu thì HĐND cấp tỉnh quyết định tỷ lệ phần trăm trích lại cho cơ quan thu lệ phí đối với từng lệ phí cụ thể; và Trường hợp HĐND cấp tỉnh chưa quy định phần phí, lệ phí trích lại cho cơ quan, đơn vị thu phí, lệ phí thì UBNDN cấp tỉnh có thể quyết định tạm thời tỷ lệ phần trăm trên số phí, lệ phí thu được trích lại cho cơ quan, đơn vị thu phí, lệ phí và phải báo cáo HĐND tại phiên họp gần nhất...

Ông Ngô Hữu Lợi, Vụ trưởng Vụ Chính sách Thuế (Bộ Tài chính) cho biết, trong quá trình thực hiện, Bộ Tài chính cũng nhận được phản ánh của một số địa phương đề nghị để địa phương tự quyết định một số loại phí, lệ phí. Do vậy, trong thời gian tới, sẽ nghiên cứu tăng cường phân cấp mạnh hơn nữa cho địa phương quyết định đối với các khoản thu phí, lệ phí, trong đó có thẩm quyền về miễn, giảm phí, lệ phí đối với các loại phí, lệ phí thuộc thẩm quyền địa phương. Theo đó, sẽ giao cho địa phương quyết định miễn, giảm phí, lệ phí đối với các loại phí, lệ phí thuộc thẩm quyền của địa phương. Ngoài ra, các địa phương cũng có quyền bãi bỏ, đình chỉ thi hành các khoản phí, lệ phí thuộc thẩm quyền địa phương.