Dự thảo luật này cũng đã được Bộ Kế hoạch - Đầu tư đưa ra lấy ý kiến các bộ, ngành, chuyên gia kinh tế. Nhiều ý kiến cho rằng vận hành đặc khu kinh tế là cơ hội tốt để Việt Nam đón nhận làn sóng đầu tư mới. Có nghĩa là lập đặc khu kinh tế, chúng ta không đi đầu tư mà là tạo không gian đầu tư mới, một sân chơi mới, tạo thể chế chính sách cạnh tranh để doanh nghiệp quyết định đầu tư, phát triển các đặc khu kinh tế thành các cực tăng trưởng của nền kinh tế.

Xây dựng đặc khu kinh tế sẽ tạo ra điểm nhấn cho phát triển kinh tế Việt Nam, tạo chính sách mới, động lực mới vượt trội, với bộ máy chính quyền đặc khu gọn nhẹ, làm việc hiệu lực, hiệu quả. Trước sự băn khoăn về nguồn lực đầu tư công cho đặc khu kinh tế, có đại biểu ở địa phương được chọn thí điểm nhấn mạnh: họ không xin kinh phí, mà chỉ xin cơ chế chính sách để tạo ra nguồn lực phát triển.

Nhiều ý kiến thẳng thắn đặt vấn đề, đặc khu kinh tế có sớm được đưa vào vận hành và thành công hay không còn phải phụ thuộc vào tư duy của nhà lãnh đạo có cởi mở hay không. Cởi mở để chấp nhận các khác biệt, đột phá về mô hình tổ chức chính quyền, để chấp nhận hàng loạt đề xuất vượt trội liên quan đến các chính sách kinh tế - xã hội, quy định liên quan đến tiếp cận đất đai, xử lý tranh chấp ở tòa án nước ngoài. Cởi mở để chấp nhận một thực tế là nhà đầu tư có một cái quyền rất lớn là quyền không đầu tư, không làm, nên chúng ta phải xây dựng thể chế chính sách theo hướng những gì nhà đầu tư cần mà hợp tình, hợp lý thì chúng ta có thể cho phép, chứ không phải là có cái gì cho nhà đầu tư cái đó.

Nên hiểu rõ đặc khu là khu vực được phân vị ranh giới địa lý rõ ràng và được bảo đảm về an ninh, có cơ chế quản lý hành chính riêng biệt, là khu vực được hưởng các ưu đãi về thuế, hải quan và các đặc quyền cụ thể.

Thế giới hiện có 4.500 đặc khu tại 140 quốc gia. Nhiều quốc gia thành công với mô hình đặc khu, nhưng cũng không ít quốc gia thất bại. Tất nhiên, sẽ có nhiều khó khăn, vướng mắc khi đặc khu thuộc địa giới hành chính của 1 địa phương lại có bộ máy chính quyền riêng. Do đó, luật về đặc khu cần quy định cơ chế kiểm soát đặc khu của Trung ương đặt tại từng đặc khu, thông qua Ban Tư vấn hỗ trợ phát triển đặc khu do Thủ tướng Chính phủ thành lập.

Đặc khu là để hút vốn. Công cụ hút vốn chính là thể chế. Đối tượng hút vốn là nhà đầu tư nước ngoài là chính. Vậy thì thể chế của đặc khu phải được xây dựng theo hướng tiếp cận đối tượng, mục tiêu này. Trong bản Dự thảo mới nhất của Luật Đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt (tức là đặc khu kinh tế), tên dự án luật đã được đổi thành Luật Đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt Vân Đồn, Bắc Vân Phong, Phú Quốc.

Có 2 phương án tổ chức chính quyền địa phương ở đặc khu còn đang được cân nhắc. Phương án 1 là không tổ chức Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân đặc khu, mà thực hiện thiết chế Trưởng đặc khu do Thủ tướng bổ nhiệm, được phân quyền, phân cấp mạnh, có thẩm quyền quyết định và tổ chức thực hiện toàn bộ các hoạt động hành chính, kinh tế - xã hội trên địa bàn đặc khu. Phương án thứ 2: tổ chức chính quyền địa phương đặc khu gồm có Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân.

Nhiều quan điểm ủng hộ phương án một vì thấy sẽ phù hợp hơn với nhà đầu tư nước ngoài ở đặc khu vì họ không có tư cách để bầu Hội đồng nhân dân, nếu có Hội đồng nhân dân sẽ có Ủy ban nhân dân và bộ máy khác đi kèm. Mô hình mang nặng tính chính trị mà ít tính kinh tế, sẽ không thể có những quyết sách nhanh chóng. Song cũng vẫn có những ý kiến phân vân, cân nhắc, vì tuy là cần bung ra tạo cơ chế mới, song nên vừa buông mà vừa không bỏ. Do đó, nên có một Hội đồng cố vấn cho đặc khu.

Hội đồng này sẽ là cơ quan hành chính do Thủ tướng Chính phủ thành lập, hoạt động thường xuyên, có thành phần: đại diện cơ quan nhà nước, chuyên gia, nhà khoa học, nhà đầu tư chiến lược, đại diện cộng đồng doanh nghiệp tại đặc khu. Hội đồng có nhiệm vụ tư vấn, phản biện những vấn đề quan trọng trước khi Trưởng đặc khu quyết định, cảnh báo những rủi ro, hạn chế, bất cập, đánh giá công tác quản lý, điều hành của Trưởng đặc khu để báo cáo Thủ tướng Chính phủ.

Từ những ý kiến đóng góp, Ủy ban pháp luật của Quốc hội dự kiến, mô hình tổ chức chính quyền địa phương ở đặc khu sẽ được chỉnh lý trong dự luật sao cho  đảm bảo phù hợp với quy định của Hiến pháp, kết luận Hội nghị trung ương Đảng, chỉ đạo của Bộ chính trị, phù hợp lợi ích hiệu quả đặc khu. Việc bổ sung về cơ chế trong dự thảo luật có sự tiếp thu kinh nghiệm của các nước, nhằm thử nghiệm phương thức kiểm soát quyền lực mới, đặc thù tương xứng với thẩm quyền vượt trội của chính quyền địa phương ở đặc khu. 

Dự thảo luật sẽ bổ sung quy định thiết lập cơ chế kiểm soát đặc thù của trung ương đặt tại từng đặc khu  thông qua Ban Tư vấn hỗ trợ phát triển đặc khu do Thủ tướng Chính phủ thành lập. Cơ chế kiểm soát này được thực hiện thông qua việc tư vấn cho ủy ban nhân dân, chủ tịch ủy ban nhân dân đặc khu trước khi quyết định những vấn đề quan trọng, cảnh báo các cơ quan chính quyền địa phương ở đặc khu về những rủi ro, hạn chế, bất cập trong hoạt động của các cơ quan này, giúp Thủ tướng theo dõi đánh giá hoạt động của Ủy ban nhân dân, Chủ tịch Ủy ban nhân dân đặc khu, kiến nghị với Thủ tướng về những vấn đề có liên quan đến sự phát triển của đặc khu.

Chức năng, nhiệm vụ và hoạt động của Ban Tư vấn hỗ trợ phát triển đặc khu sẽ không trùng hợp với chức năng tham mưu giúp việc của các cơ quan chuyên môn thuộc chính quyền đặc khu. Chức năng giám sát của Hội đồng nhân dân đặc khu, cũng như sự chỉ đạo của Ban chỉ đạo quốc gia về xây dựng các đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt.

Sự cần thiết có Ban Tư vấn hỗ trợ này được xem là cách làm mới nhằm giám sát và cân bằng quyền lực khi thẩm quyền trao cho các đặc khu là rất lớn, tránh được tình trạng cứ làm rồi khi sai phạm lại đi xử lý cán bộ thì đã muộn. Sự giám sát của Trung ương là cần thiết trên cơ sở tính toán về mức độ và nội dung kiểm soát hợp lý, không ảnh hưởng tới công tác chỉ đạo điều hành của chính quyền đặc khu. Những vấn đề trên sẽ được bàn thảo tiếp trước khi Quốc hội thông qua Dự án luật.