Theo dự thảo, khu vực I gồm Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh; khu vực II gồm các Thành phố trực thuộc Trung ương (trừ Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh), các Thành phố trực thuộc tỉnh và các thị xã; khu vực III gồm các khu vực còn lại.

Dự thảo đề rõ, lệ phí cấp mới giấy chứng nhận đăng ký kèm theo biển số cho ô tô là 500.000 đồng (khu vực I), 150.000 đồng (khu vực II và III); xe ô tô chở người từ 9 chỗ trở xuống (bao gồm cả xe con pick-up) có mức lệ phí là 20 triệu đồng (khu vực I), 1 triệu đồng (khu vực II) và 200.000 đồng (khu vực III); sơ mi rơ moóc, rơ móc đăng ký rời thì lệ phí là 200.000 đồng (khu vực I) và 150.000 đồng (khu vực II và III).

Đối với xe máy, nếu có giá trị từ 15 triệu đồng trở xuống, thì lệ phí cấp mới giấy chứng nhận đăng ký kèm theo biển số là 1 triệu đồng (khu vực I), 200.000 đồng (khu vực II) và 150.000 đồng (khu vực III). Xe trị giá trên 15 triệu- 40 triệu đồng, mức lệ phí là 2 triệu đồng (khu vực I); 400.000 đồng (khu vực II) và 150.000 đồng (khu vực III). Xe trị giá trên 40 triệu đồng, thì lệ phí là 4 triệu đồng (khu vực I), 800.000 đồng (khu vực II) và 150.000 đồng (khu vực III). Riêng xe máy 3 bánh chuyên dùng cho người tàn tật áp dung chung mức lệ phí 50.000 đồng cho cả 3 khu vực.

Dự thảo cũng nêu cụ thể mức lệ phí cấp đổi giấy chứng nhận đăng ký, biển số xe ô tô và xe máy. Theo đó, ô tô, xe máy (trừ xe ô tô chở người từ 9 chỗ trở xuống) bao gồm cả xe con pick-up, xe di chuyển từ khu vực có mức thu thấp về khu vực có mức thu cao áp dụng mức lệ phí là 150.000 đồng.

Lệ phí cấp đổi giấy chứng nhận đăng ký không kèm theo biển số ô tô, xe máy là 50.000 đồng/xe; cấp đổi biển số là 100.000 đồng/xe. Lệ phí cấp giấy chứng nhận đăng ký và biển số tạm thời (ô tô và xe máy) bằng giấy là 50.000 đồng; cấp giấy chứng nhận đăng ký tạm thời và biển số tạm thời bằng kim loại là 150.000 đồng.

Dự thảo nêu rõ, tổ chức, cá nhân ở khu vực nào thì nộp lệ phí đăng ký, cấp biển phương tiện giao thông theo mức thu tương ứng với khu vực đó. Nếu là tổ chức thì nộp lệ phí theo địa chỉ nơi đóng trụ sở ghi trong đăng ký kinh doanh; cá nhân thì nộp lệ phí theo địa chỉ nơi đăng ký hộ khẩu thường trú.

Ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (bao gồm cả xe con pick-up), xe máy chuyển từ khu vực có mức nộp lệ phí thấp về khu vực có mức thu cao (không phân biệt có đổi hay không đổi chủ tài sản), thì phải nộp lệ phí theo mức thu cấp mới.

Ô tô, xe máy của cá nhân đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký và biển số tại khu vực có mức lệ phí thấp, chuyển về nơi có mức cao do công tác hoặc chuyển hộ khẩu, mà không thay đổi chủ tài sản và có đầy đủ thủ tục, thì áp dụng mức thu cấp đổi giấy chứng nhận đăng ký, biển số quy định mới.

Trị giá xe máy làm căn cứ áp dụng mức thu lệ phí cấp giấy chứng nhận đăng ký và biển số là giá tính lệ phí trước bạ tại thời điểm đăng ký.

Dự thảo cũng đưa ra các trường hợp được miễn lệ phí gồm: cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự, cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống liên hợp quốc; viên chức ngoại giao, viên chức lãnh sự, nhân viên hành chính kỹ thuật của cơ quan đại diện ngoại giao và cơ quan lãnh sự nước ngoài, thành viên các tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc và thành viên của gia đình họ không phải là công dân Việt Nam hoặc không thường trú tại Việt Nam được Bộ Ngoại giao Việt Nam hoặc cơ quan ngoại vụ địa phương được Bộ Ngoại giao uỷ quyền cấp chứng minh thư ngoại giao hoặc chứng minh thư công vụ hoặc chứng thư lãnh sự; Tổ chức, cá nhân nước ngoài khác.

Về quản lý lệ phí, tổ chức thu phải nộp 100% số tiền lệ phí thu được vào ngân sách trung ương. Nguồn chi phí trang trải cho việc thu lệ phí đăng ký, cấp biển phương tiện giao thông do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu.

Dự kiến, khi được ban hành, Thông tư này sẽ thay thế Thông tư số 229/2016/TT-BTC ngày 11/11/2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý lệ phí đăng ký, cấp biển phương tiện giao thông cơ giới đường bộ.