Nghị định số 14/2019/NĐ-CP đã sửa đổi, bổ sung một số quy định về khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt. Cụ thể, Nghị định số 14/2019/NĐ-CP nêu rõ, người nộp thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt nhập khẩu được khấu trừ số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp ở khâu nhập khẩu, trong đó, bao gồm cả số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế khi xác định số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp bán ra trong nước.

Số thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ tương ứng với số thuế tiêu thụ đặc biệt của hàng hóa nhập khẩu chịu thuế tiêu thụ đặc biệt bán ra và chỉ được khấu trừ tối đa bằng tương ứng số thuế tiêu thụ đặc biệt tính được ở khâu bán ra trong nước. Phần chênh lệch không được khấu trừ giữa số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp ở khâu nhập khẩu với số thuế tiêu thụ đặc biệt bán ra trong nước, người nộp thuế được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp.

Đối với riêng mặt hàng xăng sinh học, Nghị định số 14/2019/NĐ-CP quy định người nộp thuế sản xuất hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt bằng các nguyên liệu chịu thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp đối với nguyên liệu nhập khẩu (bao gồm cả số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế) hoặc đã trả đối với nguyên liệu mua trực tiếp từ cơ sở sản xuất trong nước khi xác định số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp. Số thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ tương ứng với số thuế tiêu thụ đặc biệt của nguyên liệu đã sử dụng để sản xuất hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt bán ra.

Đối với xăng sinh học, số thuế tiêu thụ đặc biệt được khấu trừ của kỳ khai thuế được căn cứ vào số thuế tiêu thụ đặc biệt đã nộp hoặc đã trả trên một đơn vị nguyên liệu mua vào của kỳ khai thuế trước liền kề của xăng khoáng để sản xuất xăng sinh học.

Đối với các doanh nghiệp được phép sản xuất, pha chế xăng sinh học, việc kê khai nộp thuế, khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt được thực hiện tại cơ quan thuế địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính. Số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học (bao gồm cả số thuế chưa được khấu trừ hết phát sinh kể từ kỳ khai thuế tháng 1/2016) được bù trừ với số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp của hàng hóa, dịch vụ khác phát sinh trong kỳ. Trường hợp sau khi bù trừ, còn số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ hết của xăng khoáng nguyên liệu dùng để sản xuất, pha chế xăng sinh học thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo hoặc hoàn trả.

Ngoài ra, Nghị định bổ sung quy định trường hợp tàu bay không vận chuyển hành khách phải chịu thuế tiêu thụ đặc biệt. Theo đó, trường hợp tàu bay, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, khách du lịch; Tàu bay không sử dụng cho mục đích: phun thuốc trừ sâu, chữa cháy, quay phim, chụp ảnh, đo đạc bản đồ, an ninh, quốc phòng thì phải chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và hướng dẫn của Bộ Tài chính.