Đề án đặt ra mục tiêu xây dựng một hệ thống để tiếp nhận, xử lý thông tin liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu giao dịch thương mại điện tử trên nền cơ chế một cửa quốc gia, cơ chế một cửa ASEAN; tạo điều kiện thuận lợi trong việc kiểm soát giao dịch, tăng tốc độ thông quan hàng hóa do có đầy đủ cơ sở dữ liệu.

Cùng với đó, nhằm hướng tới xây dựng chính sách liên quan đến hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa được giao dịch qua thương mại điện tử như: quy trình thủ tục hải quan; cách xác định trị giá hải quan; việc cấp phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành;  miễn cấp phép, miễn điều kiện, miễn kiểm tra chuyên ngành.

Bên cạnh việc xác định các mục tiêu rõ ràng, Đề án cũng đưa ra 3 nhóm giải pháp chính để thực hiện quản lý hoạt động thương mại điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Cụ thể như sau:

Hoàn thiện cơ sở pháp lý liên quan đến hoạt động thương mại điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Đây là nhóm giải pháp đầu tiên được đề cập cụ thể với các giải pháp về thủ tục hải quan, về cấp phép, kiểm tra chuyên ngành và cách xác định trị giá tính thuế:

Thứ nhất, đối với các giải pháp về thủ tục hải quan. Đề án nêu rõ: Thủ tục hải quan phải đơn giản, nhanh chóng, đảm bảo việc quản lý của cơ quan hải quan, thu đúng, thu đủ thuế xuất khẩu nhập khẩu, phòng chống gian lận thương mại.

Thứ hai, về cấp phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành.  Các giải pháp đưa ra là bổ sung quy định về việc miễn giấy phép, miễn điều kiện, miễn kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa phải cấp phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành trong hai trường hợp sau:

(i) Có trị giá hải quan từ 1.000.000 đồng trở xuống, trừ trường hợp các Bộ quản lý ngành, lĩnh vực có thông báo gửi đến Tổng cục Hải quan hàng hóa không được phép miễn giấy phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành;

(ii) Có trị giá hải quan trên 1.000.000 đồng nhưng hàng hóa thuộc danh mục hàng hóa được miễn giấy phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành theo số lượng/định lượng nhất định thì được miễn giấy phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành.

Các tổ chức, cá nhân không được thu gom hàng hóa theo tiêu chuẩn miễn giấy phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành của các tổ chức, cá nhân mua hàng giao dịch qua thương mại điện tử khác. Trường hợp có vi phạm sẽ bị xử lý theo quy định.

Thời gian cập nhật kết quả kiểm tra chuyên ngành theo đề án kết quả kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được giao dịch qua thương mại điện tử phải được cập nhật trên Hệ thống xử lý chậm nhất 02 giờ làm việc sau khi có kết quả kiểm tra chuyên ngành. Tuy nhiên, không được chậm hơn thời gian thông báo kết quả kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đang triển khai thực hiện.

Để đảm bảo được việc bảo vệ an toàn thực phẩm, tránh lây lan dịch bệnh, gây ô nhiễm môi trường ảnh hưởng đến an ninh quốc gia, các trường hợp miễn giấy phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành không áp dụng trong trường hợp các bộ quản lý ngành, lĩnh vực có cảnh báo về an toàn thực phẩm.

Mặt khác, phải đảm bảo tránh lây lan dịch bệnh, gây nguy hại cho sức khỏe, tính mạng con người, gây ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng đến đạo đức xã hội, thuần phong mỹ tục, nguy hại cho kinh tế, cho an ninh quốc gia hoặc có văn bản thông báo dừng áp dụng chế độ miễn kiểm tra chuyên ngành trước thông quan.

Đối với hàng hóa đang được lưu giữ trong kho ngoại quan (chưa làm thủ tục nhập khẩu), cơ quan quản lý chuyên ngành có trách nhiệm thực hiện thủ tục cấp phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành theo đề nghị của doanh nghiệp là chủ hàng hóa hoặc được chủ hàng hóa ủy quyền thực hiện các thủ tục tại Việt Nam.

Sau khi có kết quả cấp phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành thì cơ quan hải quan thực hiện trừ lùi trên giấy phép, điều kiện, kiểm tra chuyên ngành để thực hiện thủ tục nhập khẩu cho từng đơn hàng khi nhập khẩu vào Việt Nam.

Thứ ba, về cách tính trị giá hải quan. Nguyên tắc và phương pháp xác định trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu vừa để tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại điện tử phát triển vừa đảm bảo đúng quy định hiện hànhvề trị giá hải quan.

Xây dựng cơ sở dữ liệu liên quan đến hoạt động thương mại điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Để đảm bảo có cơ sở dữ liệu để thực hiện việc quản lý đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được giao dịch qua thương mại điện tử thì cần thiết phải xây dựng một Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu giao dịch qua thương mại điện tử có các đặc điểm:

- Hệ thống được xây dựng nằm trong Hệ thống tổng thể quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; tiếp nhận, lưu giữ thông tin liên quan đến các giao dịch thương mại điện tử.

- Cập nhật các thông tin về các sàn giao dịch thương mại điện tử, website thương mại điện tử bán hàng (thông tin về khuyến mại, chính sách bán hàng, thông tin về nhà vận chuyển, người bán hàng…) và các cơ chế, chính sách quản lý về thương mại điện tử (chính sách thuế, mã số hàng hóa, danh mục hàng hóa phải thực hiện kiểm tra chuyên ngành...);

- Xử lý các thông tin được tiếp nhận và chia sẻ thông tin đến Hệ thống khác phục vụ nhu cầu quản lý; phân quyền cho các đối tượng tham gia vào Hệ thống; thực hiện xử lý thông tin trên Hệ thống để thực hiện: phản hồi cho người truyền dữ liệu, phản hồi cho cơ quan quản lý liên quan; thực hiện đánh giá rủi ro, cảnh báo cho các đơn vị quản lý; truyền dữ liệu đã xử lý đến các Hệ thống liên quan khác để thực hiện quá trình thông quan hàng hóa;

- Lưu giữ các thông tin cần thiết phục vụ công tác thống kê, báo cáo, là thông tin đầu vào cho các quá trình xử lý thông tin của ngành, lĩnh vực, nhà nước.

Xây dựng chính sách quản lý giao dịch trong hoạt động thương mại điện tử.

Xây dựng chính sách quản lý giao dịch trong hoạt động thương mại điện tử và xây dựng cơ chế thanh toán, bảo lãnh điện tử liên quan đến các giao dịch trong hoạt động thương mại điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua biên giới.

Tại Đề án, Thủ tướng Chính phủ cũng đã giao Bộ Tài chính chủ trì xây dựng trình chính phủ Nghị định về quản lý hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được giao dịch qua thương mại điện tử đảm bảo việc thực hiện các giải pháp hoàn thiện cơ sở pháp lý theo đề án và trình Chính phủ trong quý IV/2020.

Cùng với đó, Bộ Tài chính chịu trách nhiệm xây dựng và hoàn thiện Hệ thống quản lý hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu giao dịch qua thương mại điện tử; Chủ trì tổng hợp, đánh giá hiệu quả của công tác quản lý hoạt động thương mại điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu từ 2020 đến 2025, đề xuất việc quản lý hoạt động này trong thời gian tiếp theo.

Đề án được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt được đánh giá là cơ sở quan trọng để thực thi các giải pháp nhằm hoàn thiện về cơ chế, chính sách và đảm bảo cho sự phát triển của hoạt động thương mại điện tử đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.​