Bên cạnh đó, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT đã bổ sung thêm những quy định mới để đảm bảo đồng bộ hệ thống chính sách thuế và phù hợp với nguyên tắc và thông lệ quốc tế về giá tính thuế GTGT. Theo đó, từ ngày 1/1/2014, giá tính thuế GTGT đối với hàng hoá chịu thuế bảo vệ môi trường (BVMT) là giá bán đã có thuế BVMT nhưng chưa có thuế GTGT.

Tổng cục Thuế cho  biết, điều ngày là phù hợp với sự phát triển của hệ thống chính sách thuế Việt Nam bởi theo Luật Thuế BVMT thì thuế BVMT là khoản thuế gián thu tính bằng mức tuyệt đối cộng vào giá bán của hàng hoá chịu thuế do người mua, người nhập khẩu hàng hoá trả. Thuế BVMT cấu thành trong giá vốn hàng hoá của người nộp thuế BVMT. Do vậy, trong các khâu sau khâu nộp thuế, người bán không thể xác định được số thuế BVMT trong giá trị hàng hoá khi bán cho khách hàng, không tách được thuế BVMT khỏi giá tính thuế GTGT.