Tổng cục Hải quan hướng dẫn, căn cứ khoản 3 Điều 2 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ngày 13/8/2010 của Chính phủ thì hàng hóa từ khu phi thuế quan xuất khẩu ra nước ngoài; hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan và chỉ sử dụng trong khu phi thuế quan; hàng hóa đưa từ khu phi thuế quan này sang khu phi thuế quan khác thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Căn cứ khoản 20 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12, thì hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Căn cứ tiết c khoản 1 Điều 2 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 thì đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu kê khai thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuếnhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế GTGT, thuế bảo vệ môi trường hoặc miễn thuế, xét miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hoặc áp dụng thuế suất ưu đãi, ưu đãi đặc biệt, mức thuế theo hạn ngạch thuế quan và đã được xử lý theo kê khai nhưng sau đó có thay đổi về đối tượng không chịu thuế hoặc mục đích được miễn thuế, xét miễn thuế, áp dụng thuế suất ưu đãi, ưu đãi đặc biệt, mức thuế theo hạn ngạch thuế quan; hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu và hàng hóa tạm nhập - tái xuất chuyển tiêu thụ nội địa thì người nộp thuế phải thực hiện khai hải quan đối với hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa theo quy định tại Điều 21 Thông tư này.

Căn cứ Điều 13 Nghị định số 127/2013/NĐ-CP ngày 15/10/2013 của Chính phủ, Điều 1 Nghị định số 45/2016/NĐ-CP ngày 26/5/2016 của Chính phủ sửa đổi bổ sung một số điều của Nghị định số 127/2013/NĐ-CP.

Từ những căn cứ pháp lý nêu trên, áp dụng cụ thể đối với các ý kiến của  của Công ty TNHH Nikkiso Việt Nam tại các công văn số NVI-16-982 ngày 9/9/2016; số NVI-16-964 ngày 25/8/2016 thì Công ty là DN chế xuất.

Theo quy định của pháp luật về thuế thì hàng hóa từ nước ngoài nhập khẩu vào DN chế xuất không thuộc đối tượng chịu thuế; quá trình sản xuất có một số nguyên liệu, quá trình sản xuất định mức sử dụng thực tế thấp hơn hoặc cao hơn định mức khai báo, có trường hợp Công ty khai báo định mức sử dụng dự kiến 0% nhưng thực tế không thể xảy ra việc này; đơn vị tính của cơ quan hải quan khác với đơn vị tính tại kho hàng dẫn đến có sự khác biệt về định mức khai báo với định mức thực tế sử dụng; quy trình sản xuất phụ tùng máy bay đòi hỏi yêu cầu cao về kỹ thuật, công nghệ với độ chính xác cao; sản phẩm sai, hỏng, nguyên liệu bị lỗi buộc phải tiêu hủy.

Hiện tại, cơ quan hải quan không có thông tin chứng minh DN bán nguyên liệu, vật tư hoặc sản phẩm vào thị trường nội địa thì số nguyên liệu vật tư, nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu của Công ty được xử lý thuế như sau:

Trường hợp 1: Đối với nguyên liệu, vật tư để sản xuất phụ tùng máy bay chênh lệch dương vẫn được lưu tại kho không bị ấn định thuế do hàng hóa này vẫn còn tồn ở kho, thuộc đối tượng không chịu thuế, Cơ quan hải quan thực hiện thống kê số nguyên liệu, vật tư chênh lệch dương tại thời điểm kiểm tra. Công ty tiếp tục quản lý, sử dụng số nguyên liệu, vật tư này để sản xuất hàng xuất khẩu.

Trong quá trình sản xuất Công ty thực hiện báo cáo chi tiết với cơ quan hải quan về tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư và xuất khẩu sản phẩm được sản xuất từ số nguyên liệu, vật tư chênh lệch dương nêu trên.

Trường hợp 2: Đối với nguyên liệu, vật tư để sản xuất phụ tùng máy bay có chênh lệch âm, giao Cục Hải quan TP. Hải Phòng kiểm tra sổ sách, chứng từ kế toán, phiếu xuất kho, nhập kho và các nội dung Công ty đã giải trình tại công văn số NVI-16-982, số NVI-16-964 về việc xem xét và hướng dẫn tháo gỡ vướng mắc đối với sai sót trong thống kê xuất nhập tồn nguyên liệu nhập khẩu, do quy trình sản xuất phụ tùng máy bay có tính chất đặc thù không giống sản xuất các mặt hàng thông thường khác, Công ty nhầm lẫn trong khai báo định mức thấp hơn định mức sử dụng thực tế, có loại nguyên liệu Công ty khai định mức sử dụng là 0% nhưng thực tế không thể xảy ra việc này, đơn vị tính của DN khác đơn vị tính của cơ quan hải quan;

DN cam kết không bán nguyên liệu, vật tư vào nội địa; cơ quan hải quan không phát hiện DN tiêu thụ vào nội địa thì không thực hiện ấn định thuế nhập khẩu, thuế GTGTđối với số chênh lệch âm nêu trên.

Công ty bị xử phạt vi phạm hành chính đối với phần nguyên liệu, vật tư chênh lệch âm theo quy định tại khoản 5 Điều 1 Nghị định số 45/2016/NĐ-CP ngày 26/5/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 127/2013/NĐ-CP ngày 15/10/2013 của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính đối với trường hợp “Vi phạm quy định về quản lý nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, sản phẩm gia công, sản xuất xuất khẩu, chế xuất dẫn đến hàng hóa thực tế tồn kho thiếu so với chứng từ kế toán, sổ kế toán, hồ sơ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu mà không thuộc trường hợp quy định tại các Điểm d, đ, e và Điểm g Khoản 1 Điều 13 Nghị định này”. 

Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện phần chênh lệch âm nguyên liệu, vật tư là do công ty bán tiêu thụ nội địa thì thực hiện ấn định thuế nhập khẩu, thuế GTGT, xử phạt về hành vi gian lận, trốn thuế theo quy định của pháp luật.