Cụ thể, loại hình tự chủ toàn diện, hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp có Bệnh viện Đại học Y dược TP Hồ Chí Minh và Bệnh viện Bưu điện.

Loại hình tự bảo đảm toàn bộ chi hoạt động thường xuyên và chi đầu tư gồm BV Đại học Y Hà Nội, BV Nội tiết TW, BV Răng Hàm Mặt TW TP Hồ Chí Minh, Trung tâm điều trị quốc tế Bệnh viện TW Huế, Trung tâm điều trị theo yêu cầu kỹ thuật cao - BV Việt Đức, BV Đại học Y Dược Cần Thơ.

Loại hình tự bảo đảm toàn bộ chi hoạt động thường xuyên gồm BV Bạch Mai, BV Chợ Rẫy, BV Việt Đức, BV Tai Mũi Họng TW, BV Mắt TW, BV Phụ sản TW, BV Răng Hàm Mặt TW TP Hà Nội, BV trường Đại học Y Dược Hải Phòng, BV trường Đại học Y Dược Thái Bình.

Loại hình thực hiện theo cơ chế đặt hàng, giao nhiệm vụ có BV Tâm thần TW I, BV Tâm thần TW II, Viện Giám định pháp y TW, BV Phong và Da liễu TW Quỳnh Lập, BV Phong và Da liễu TW Quy Hòa.

Một số bệnh viện đề xuất vay vốn, huy động vốn để thành lập cơ sở 2 (mới có đề xuất, chưa có đề án) như Khoa khám bệnh và điều trị trong ngày - BV Bạch Mai; Khoa khám bệnh và điều trị trong ngày – BV Chợ Rẫy; BV Nhi TW; BV Mắt TW; BV Phụ sản TW; BV Nội tiết TW (cơ sở Thái Thịnh).

Bên cạnh đó, triển khai Nghị quyết 93/NQ-CP về một số cơ chế, chính sách phát triển y tế, Bộ Y tế cũng đề xuất Đại học Y dược TP Hồ Chí Minh góp vốn bằng thương hiệu, bằng tiền với các công ty (có đất) để thành lập Bệnh viện sản-nhi (đã có đề án thành lập Công ty cổ phần).

Hiện nay, Bộ Y tế đang quản lý 42 bệnh viện, gồm 36 bệnh viện trực thuộc và 6 bệnh viện thuộc các trường đại học y dược, trong đó có 1 Bệnh viện tự bảo đảm toàn bộ chi hoạt động thường xuyên và chi đầu tư (Bệnh viện Đại học Y dược TP Hồ Chí Minh) và 13 BV tự bảo đảm toàn bộ chi hoạt động thường xuyên.

Theo Y tế, một số BV mong muốn được hoạt động theo cơ chế như doanh nghiệp, nhưng có một số vấn đề nhưng chưa rõ ràng. Ví dụ vấn đề sử dụng lao động, về giá, về thuế…

Tuy nhiên, vướng mắc nhất vẫn là giá thanh toán BHYT đối với người có thẻ BHYT. Theo quy định hiện nay, BHYT thanh toán theo giá do liên bộ Y tế và Tài chính ban hành. Hiện, giá thanh toán BHYT mới tính 3/7 yếu tố cấu thành chi phí, chưa có khấu hao, quản lý… trong khi nếu BV hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp hoặc tự bảo đảm toàn bộ chi thường xuyên và chi đầu tư thì giá được tính đủ, bao gồm cả khấu hao, quản lý.

Theo kết luận mới đây của Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh - Trưởng Ban Chỉ đạo Nhà nước về đổi mới cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, các Bộ cần khẩn trương xây dựng hoặc sửa đổi, bổ sung Nghị định hướng dẫn chuyên ngành về vấn đề này (các vấn đề chung đã được quy định tại Nghị định 16) và thực hiện phân loại các đơn vị sự nghiệp.

Nguyên tắc tổ chức thực hiện việc đổi mới cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập là từ thực tiễn kết hợp với yêu cầu đổi mới để sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện và đưa vào ứng dụng ngay trong thực tế, không chờ đến khi đầy đủ các yếu tố mới bắt đầu thực hiện. Tất cả các đơn vị sự nghiệp công đều phải thực hiện đổi mới (kể cả các đơn vị được Nhà nước đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động)…

Cũng theo Kết luận này, Phó Thủ tướng đã tán thành việc phân loại và lựa chọn một số đơn vị sự nghiệp y tế công lập để thực hiện thí điểm đổi mới cơ chế tự chủ theo báo cáo của Bộ Y tế. Bộ Y tế chỉ đạo các đơn vị triển khai xây dựng đề án theo các quy định mới để trình cấp có thẩm quyền phê duyệt trong quý II/2015.

Về các kiến nghị của Bộ Y tế liên quan đến ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, vay vốn tín dụng ưu đãi hay gia thanh toán bảo hiểm y tế…, cần nghiên cứu, gắn với việc ban hành chính sách trong Nghị định hướng dẫn chuyên ngành.