Tại Công văn 1713/TCT-KK, Tổng cục Thuế nêu các căn cứ và hướng dẫn như sau:

Căn cứ Điều 7, Khoản 1 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế:
“ Điều 7. Hồ sơ khai thuế…

2. Hồ sơ khai thuế tương ứng với từng loại thuế, người nộp thuế, phù hợp với phương pháp tính thuế, kỳ tính thuế (tháng, quý, năm, từng lần phát sinh hoặc quyết toán). Trường hợp cùng một loại thuế mà người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh thì thực hiện khai chung trên một hồ sơ khai thuế, trừ các trường hợp sau:

d) Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế GTGT thì phải lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho từng dự án đầu tư; đồng thời phải bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho từng dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp (nếu có) của hoạt động, kinh doanh đang thực hiện cùng kỳ tính thuế.

Điều 11. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế: Người nộp thuế thực hiện các quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 45 Luật Quản lý thuế và các quy định sau đây:

1. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế có nhiều hoạt động, kinh doanh trên nhiều địa bàn cấp tỉnh theo quy định tại điểm a, điểm b khoản 4 Điều 45 Luật Quản lý thuế là cơ quan thuế nơi có hoạt động kinh doanh khác tỉnh, TP nơi có trụ sở chính đối với các trường hợp sau đây:

a) Khai thuế GTGT của dự án đầu tư đối với trường hợp quy định tại điểm d khoản 2 Điều 7 Nghị định này tại nơi có dự án đầu tư”.

Căn cứ Điểm c Khoản 3 Điều 11 Thông tư 156/2013/TT-BTC quy định về khai thuế GTGT khấu trừ đối với dự án đầu tư:

“Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính.

Nếu số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư”.

Căn cứ các hướng dẫn nêu trên và theo hồ sơ Cục Thuế Yên Bái gửi kèm theo Công văn số 432/CT-KK ngày 5/2/2021, trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư.

Nếu doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế trên tờ khai thuế 02/GTGT kỳ tính thuế quý 4/2020 và gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính thì Cục Thuế tỉnh Yên Bái kiểm tra hồ sơ của DN, căn cứ quy định của pháp luật về đầu tư, pháp luật về thuế và tình hình thực tế tại DN để xử lý hoàn thuế theo đúng quy định.

Từ kỳ tính thuế tháng 1/2021 hoặc quý I/2021 trở đi, đề nghị Cục Thuế Yên Bái hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai, nộp thuế và hoàn thuế theo quy định tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 và các văn bản hướng dẫn thi hành.