Theo đó, để được lựa chọn là doanh nghiệp bán hàng, doanh nghiệp phải đáp ứng các điều kiện sau đây: 

Một là, được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, có đăng ký bán hàng hoàn thuế giá trị gia tăng, kinh doanh các mặt hàng được hoàn thuế theo quy định tại Điều 11 Thông tư này tại một trong các địa điểm sau đây: Trụ sở chính của doanh nghiệp; Chi nhánh, cửa hàng của doanh nghiệp; Địa điểm đặt đại lý bán hàng cho doanh nghiệp.

Hai là, thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật; kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.

Ba là, cam kết tham gia vào Hệ thống quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài theo quy định.

Hồ sơ đăng ký doanh nghiệp bán hàng hoàn thuế gồm: Công văn đăng ký tham gia bán hàng theo mẫu quy định; Hợp đồng bán hàng đại lý ký giữa doanh nghiệp đăng ký bán hàng với cửa hàng bán hàng đại lý cho doanh nghiệp (đối với trường hợp là cửa hàng đại lý bán hàng cho doanh nghiệp) gồm 01 bản chụp có đóng dấu xác nhận “sao y” của doanh nghiệp.

Thông tư số 92/2019/TT-BTC hướng dẫn cụ thể về thủ tục chọn doanh nghiệp. Theo đó, doanh nghiệp gửi hồ sơ đăng ký đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp đăng ký bán hàng hoàn thuế tại chi nhánh, cửa hàng của doanh nghiệp khác tỉnh, thành phố với trụ sở chính thì chi nhánh, cửa hàng gửi hồ sơ đăng ký đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh, cửa hàng của doanh nghiệp.

Cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và xử lý. Nếu hồ sơ chưa đầy đủ, trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ có văn bản thông báo cho doanh nghiệp bổ sung hồ sơ. Nếu hồ sơ không đáp ứng điều kiện quy định, trong thời hạn 07 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ có văn bản trả lời cho doanh nghiệp.

Nếu hồ sơ đầy đủ, đáp ứng các điều kiện quy định, trong thời hạn 07 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định, Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính có văn bản công nhận theo mẫu và gửi cho doanh nghiệp (đối với trường hợp cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp là Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) hoặc Chi cục thuế gửi hồ sơ đề nghị Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính có văn bản công nhận doanh nghiệp bán hàng hoàn thuế giá trị gia tăng (đối với trường hợp cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp là Chi cục thuế). Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề nghị của Chi cục thuế, Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính có văn bản công nhận theo mẫu và gửi cho doanh nghiệp.

Thông tư số 92/2019/TT-BTC nêu rõ, trường hợp doanh nghiệp vi phạm các quy định về việc hoàn thuế giá trị gia tăng, tùy hành vi và mức độ vi phạm, Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xử lý theo quy định. Trường hợp doanh nghiệp bị lập biên bản đến lần thứ hai về hành vi không lập hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế theo mẫu hoặc lập hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế nhưng không truyền đến Hệ thống, ngoài việc xử lý vi phạm hành chính (nếu có), Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xem xét, quyết định chấm dứt việc bán hàng hoàn thuế, truyền thông tin đến Hệ thống theo phương thức điện tử, đồng thời đăng trên trang thông tin điện tử của Cục Thuế và Tổng cục Thuế.