Để thực hiện các nhiệm vụ trên, các nội dung cần triển khai nghiên cứu, thực hiện là:

Một là, tăng cường các biện pháp quản lý doanh nghiệp (DN), quản lý việc phát hành và sử dụng hóa đơn của DN.

Theo đó, cần phát hiện và sớm ngăn chặn những DN có dấu hiệu thành lập ra chỉ để cung cấp hóa đơn nhằm hợp pháp hóa đầu vào cho DN khác và những DN được thành lập chỉ nhằm mục đích mua bán hóa đơn.

Nếu như hành vi này bị phát hiện khi mới ở mức vài công ty thì mức độ thất thu NSNN chắc chắn sẽ giảm rất nhiều. Việc nâng cao hiệu quả công tác phối hợp giữa cơ quan thuế với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong quản lý hoạt động kinh doanh của các DN cũng góp phần ngăn chặn hành vi gian lận về khấu trừ và hoàn thuế GTGT.

Hai là, hoàn thiện quy định pháp luật về khấu trừ và hoàn thuế GTGT theo hướng vừa quản lý chặt chẽ để phòng chống gian lận thuế, vừa tạo môi trường đầu tư và kinh doanh thuận lợi cho hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Theo đó, cần nghiên cứu sửa đổi, bổ sung một số quy định pháp luật về thuế GTGT như sau:

- Nên bổ sung quy định cho cơ sở sản xuất hàng hóa thuộc diện chịu thuế suất thuế GTGT 5% được hoàn thuế GTGT khi có lũy kế số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 12 tháng hoặc 4 quý trở lên. Như đã phân tích, việc không cho hoàn thuế GTGT trong trường hợp này không phù hợp với bản chất của thuế GTGT và gây khó khăn cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của DN.

DN sản xuất có đặc thù rất khác với DN kinh doanh thương mại là độ chuyên môn hóa về sản phẩm cao, nên đa phần các trường hợp chỉ sản xuất hàng hóa chịu thuế GTGT 5% mà không sản xuất đồng thời cả hàng hóa chịu thuế suất 10% để có thể bù trừ cho nhau.

Điển hình cho những trường hợp bị khó khăn bởi việc không được hoàn thuế GTGT trong trường hợp này là các DN sản xuất thiết bị y tế. Ví dụ như: Công ty cổ phần Thiết bị y tế Vinahankook có lũy kế số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ tháng 7/2016 đến tháng 11/2019 là trên 12 tỷ đồng (Xuân Yến, 2019). Tương ứng với con số chưa khấu trừ hết mà không được hoàn thuế GTGT là số vốn DN đang bị chiếm dụng, gây khó khăn về dòng vốn kinh doanh của DN.

Đối với DN kinh doanh thương mại do đặc thù có thể kinh doanh nhiều hàng hóa với các mức thuế suất khác nhau, cả 5% và 10%, mà phần lớn là 10%, nên có thể bù trừ lẫn nhau và không cần đưa vào diện hoàn thuế khi có lũy kế số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết mà để khấu trừ vào kỳ tính thuế tiếp theo.

- Nên nghiên cứu bỏ quy định không cho áp dụng thuế suất 0%, không cho hoàn thuế GTGT đối với sản phẩm xuất khẩu được chế biến từ tài nguyên khoáng sản mà giá trị tài nguyên và chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

Lý do của đề xuất này là: (1) Mặc dù mục tiêu khuyến khích chế biến sâu khoáng sản trước khi xuất khẩu là cần thiết, song về mặt kỹ thuật, việc xác định tỷ lệ các khoản chi phí phản ánh mức độ chế biến sâu phù hợp với từng loại khoáng sản và từng loại sản phẩm là rất phức tạp; (2) Việc không cho hoàn thuế trong trường hợp này gây khó khăn cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của các ngành công nghiệp chế biến sử dụng khoáng sản khai thác trong nước.