Đại diện Cục Công nghệ Thông tin và Thống kê hải quan (Tổng cục Hải quan) cho biết, việc áp dụng "Hệ thống thông tin quản lý miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế điện tử" sẽ làm giảm thời gian xử lý nghiệp vụ hải quan, theo hướng tự động xác định tờ khai có hàng hóa tạm nhập tái xuất, có cơ chế kiểm tra và đưa ra cảnh báo cho cán bộ hải quan đối với những tờ khai sắp hết thời gian ân hạn, hoặc quá thời gian ân hạn mà chưa làm thủ tục liên quan.

Đây cũng là căn cứ giúp cán bộ hải quan nắm được thông tin, đôn đốc doanh nghiệp làm hồ sơ không thu thuế. Hệ thống kế toán thuế xuất nhập khẩu theo mô hình xử lý tập trung cấp Tổng cục tích hợp với hệ thống thông quan tự động VNACCS nhận thông tin về tờ khai, thông báo thuế, thông báo lệ phí và danh sách doanh nghiệp xuất nhập khẩu… Hệ thống kế toán thuế tập trung sẽ gửi sang hệ thống VNACCS các thông tin về hạn mức, bảo lãnh, danh sách doanh nghiệp nợ thuế, trạng thái tờ khai đã nộp thuế.

Bên cạnh đó, Hệ thống còn quản lý thông tin tờ khai gốc và tờ khai điều chỉnh bổ sung hoặc tờ khai phát sinh có liên quan phục vụ cho kiểm tra đối chiếu số liệu hỗ trợ quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế… Việc triển khai thí điểm “Hệ thống thông tin quản lý miễn, giảm, hoàn thuế, không thu thuế và xử lý tiền thuế nộp thừa theo phương thức điện tử” tại Cục Hải quan Hà Nội nhằm làm cơ sở để tổng kết, đánh giá, tiến tới nhân rộng thực hiện.

Để đảm bảo việc triển khai thí điểm thuận lợi, Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan Hà Nội cử cán bộ nắm vững nghiệp vụ phối hợp với Cục Thuế xuất nhập khẩu, Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, cùng với nhà thầu để triển khai thực hiện; đồng thời, lựa chọn doanh nghiệp hoạt động thuộc diện được miễn, giảm, hoàn thuế, không thu thuế để ưu tiên triển khai thí điểm trong thời gian có các đơn vị nghiệp vụ liên quan của Tổng cục Hải quan đang hỗ trợ tại các chi cục.

Tổng cục Hải quan cho biết thêm, sau khi tổng kết, đánh giá việc áp dụng “Hệ thống thông tin quản lý miễn, giảm, hoàn thuế, không thu thuế và xử lý tiền thuế nộp thừa theo phương thức điện tử” tại Cục Hải quan Hà Nội sẽ tiến tới nhân rộng thực hiện trên toàn quốc. Hệ thống được kỳ vọng sẽ khắc phục được những tồn tại, hạn chế trong công tác quản lý thông tin miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế vẫn thực hiện theo phương thức thủ công còn rất chậm hiện nay.

Đồng thời, giúp cơ quan Hải quan các tỉnh, thành phố giải quyết những khó khăn trong việc tổng hợp báo cáo để thực hiện công tác miễn, giảm, hoàn thuế xuất nhập khẩu liên quan đến tờ khai, ngày tháng, tên công ty, tên dự án, danh mục miễn thuế được cấp, mặt hàng, số thuế được miễn, trị giá hàng, số lượng để làm căn cứ miễn thuế...  Ngoài ra, hệ thống này cũng là phương án tối ưu giúp giải quyết những khó khăn do quy trình xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo phân loại “kiểm tra trước, hoàn thuế không thu thuế sau” hiện hành.

Chẳng hạn, mỗi bộ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế có từ hàng chục đến hàng trăm dòng hàng thuộc vài chục đến vài trăm tờ khai. Do vậy, để kiểm tra đối chiếu hồ sơ với dữ liệu trên hệ thống, công chức hải quan phải tra cứu từng tờ khai, từng dòng hàng trên hệ thống e-Customs V5 và các hệ thống liên quan khác mất rất nhiều thời gian, có nhiều rủi ro sai số. Nếu tỷ lệ kiểm tra cao, các chi cục hải quan không đáp ứng đủ nhân lực để thực hiện vào kỳ nộp báo cáo quyết toán thuế của các doanh nghiệp...