Theo dự thảo, chi cục thuế khu vực có trách nhiệm quản lý thuế đối với toàn bộ người nộp thuế (NNT) và các khoản thu ngân sách nhà nước (NSNN) đã được phân công cho các chi cục thuế bị hợp nhất nhưng phải tách riêng số thuế phải thu, đã thu, còn phải thu, phải hoàn trả NNT và khoản thu NSNN theo địa bàn hạch toán cấp huyện.

Theo đó, mã số cơ quan thuế quản lý trực tiếp của NNT hoặc mã cơ quan thuế quản lý khoản thu NSNN đã được phân cho chi cục thuế bị hợp nhất quản lý trước đây trên ứng dụng được giữ nguyên. Trường hợp NNT mới thành lập có địa chỉ trụ sở tại địa bàn cấp huyện nơi chi cục thuế bị hợp nhất thì thực hiện phân công cho chi cục thuế khu vực quản lý nhưng mã cơ quan thuế quản lý vẫn phải tương ứng với địa bàn cấp huyện nơi NNT đóng trụ sở. Trường hợp NNT chuyển địa chỉ trụ sở trong địa bàn hành chính của chi cục thuế khu vực thì hướng dẫn NNT thực hiện thủ tục chuyển địa điểm như trường hợp đổi địa chỉ trụ sở không làm thay đổi cơ quan thuế quản lý.

Đối với công tác quản lý thu ngân sách, chi cục thuế khu vực cần phối hợp với ngân hàng, kho bạc nhà nước hướng dẫn NNT khi lập chứng từ nộp tiền vào NSNN trong đó ghi rõ tên địa chỉ chi cục thuế khu vực và thông tin địa bàn huyện nơi NNT phát sinh khoản phải nộp vào NSNN.

Khi ban hành các quyết định xử lý về thuế, thông báo thuế hoặc các văn bản liên quan đến số thuế và các khoản phải nộp NSNN, chi cục thuế khu vực và các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan phải ghi rõ tên kho bạc hạch toán khoản thu NSNN cấp huyện tương ứng.

Đồng thời, chi cục thuế khu vực khi thực hiện đối chiếu, lập báo cáo, quyết toán thu NSNN phải thực hiện riêng với kho bạc nhà nước trên từng địa bàn cấp huyện đảm bảo đầy đủ, chính xác. Thực hiện báo cáo kết quả thu NSNN trên địa bàn từng huyện theo dự toán HĐND giao.

Đối với việc tiếp nhận giải quyết thủ tục hành chính, bộ phận một cửa tại địa bàn không có trụ sở chi cục thuế khu vực (một cửa B) có trách nhiệm tiếp nhận toàn bộ hồ sơ bằng giấy của NNT bao gồm các thủ tục hành chính thuế, các văn bản khác NNT gửi trực tiếp hoặc theo đường bưu điện; thực hiện ghi sổ nhận, luân chuyển hồ sơ về các phòng chức năng tại chi cục thuế khu vực để giải quyết và trả kết quả theo quy trình tiếp nhận và giải quyết thủ tục hành chính hiện hành.

Về kế hoạch nâng cấp ứng dụng công nghệ thông tin, dự thảo đề xuất trước mắt trong giai đoạn 1 năm 2018 sẽ giữ nguyên hạ tầng kỹ thuật, hệ thống các ứng dụng công nghệ thông tin như hiện tại. Giai đoạn 2 (thực hiện từ năm 2020) sẽ nâng cấp hạ tầng kỹ thuật và hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin đáp ứng đầy đủ các yêu cầu quản lý thuế đối với chi cục thuế khu vực.