Trả lời Công văn số 4171/CT-TTKT7 đề ngày 29/4/2020 của Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh về việc hoàn thuế sau khi sáp nhập doanh nghiệp, Tổng cục Thuế cho biết, theo quy định tại Khoản 1 Điều 195 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 ngày 26/11/2014 về sáp nhập doanh nghiệp, một hoặc một số công ty có thể sáp nhập vào một công ty khácbằng cách chuyển toàn bộ tài sản, quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp sang công ty nhận sáp nhập, đồng thời chấm dứt sự tồn tại của công ty bị sáp nhập.

Khoản 3 Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 13/2008/QH13 đã được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 31/2013/QH13 quy định, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Khoản 2 Điều 42 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp. Theo đó, doanh nghiệp bị tách, bị hợp nhất, bị sáp nhập có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trước khi tách, hợp nhất, sáp nhập doanh nghiệp; nếu chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì doanh nghiệp bị tách và các doanh nghiệp mới được thành lập từ doanh nghiệp bị tách, doanh nghiệp hợp nhất, doanh nghiệp nhận sáp nhập có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.

Căn cứ các quy định nêu trên, Tổng cục Thuế hướng dẫn, trường hợp Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã tiếp nhận hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế do sáp nhập doanh nghiệp, hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT từ tháng 09/2018 đến tháng 03/2019, hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT tháng 04/2019 của Công ty TNHH Hoshino Việt Nam có trụ sở tại TP. Hồ Chí Minh và đã thực hiện kiểm tra thuế tại Công ty theo Quyết định kiểm tra số 1741/QĐ-CT ngày 26/8/2019 thì Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh xác định đầy đủ, chính xác nghĩa vụ thuế của Công ty TNHH Hoshino Việt Nam phải hoàn thành trước khi thực hiện thủ tục đóng mã số thuế do sáp nhập.

Trường hợp sau khi hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế, nếu Công ty có số thuế GTGT đủ điều kiện được hoàn thì Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh giải quyết hoàn thuế GTGT cho Công ty theo đúng quy định.