Các cơ chế tài chính trên đã tạo động lực quan trọng đối với các cơ sở giáo dục đại học công lập trong việc nâng cao quyền tự chủ, gắn với tự chịu trách nhiệm trong việc khai thác, phát huy các tiềm năng về cơ sở vật chất, tài sản, đội ngũ giáo viên để mở rộng quy mô, đa dạng hoá các loại hình đào tạo, gắn với nhu cầu xã hội, tăng nguồn tài chính cho nhà trường, tăng cường tái đầu tư cơ sở vật chất, nâng cao thu nhập, cải thiện đời sống cho người lao động… Tuy vậy, thực tế cho thấy bên cạnh những thành tích quả tích cực mang lại, cơ chế tài chính hiện nay đối với giáo dục đại học vẫn còn một số tồn tại, bất cập cần tiếp tục được hoàn thiện và đổi mới cho phù hợp với các chủ trương, định hướng về phát triển kinh tế xã hội trong giai đoạn mới.

Tại Hội thảo, Thứ trưởng Nguyễn Thị Minh cho biết, một số định hướng dự kiến sẽ được đề xuất với các cấp có thẩm quyền phê duyệt. Cụ thể như: chi phí cho giáo dục đại học trước hết cần phải được tính đủ các chi phí đào tạo. Sau khi tính chi phí đào tạo cho từng ngành học, sẽ tiến hành phân nhóm, đối với những ngành nghề có khả năng xã hội hoá cao, người học có nhu cầu thì ngoài phần ngân sách có thể hỗ trợ một phần, còn lại sẽ thu bổ sung để đảm bảo đủ chi phí đào tạo thì mới đảm bảo được chất lượng đào tạo là cái đích cuối cùng.

Theo Thứ trưởng Nguyễn Thị Minh, nguồn thu để bù đắp có 2 phần: phần đối với học sinh không thuộc diện ưu tiên, có đủ điều kiện mà muốn được hưởng chất lượng giáo dục tốt thì sẽ bỏ ra một số tiền lớn hơn trước đây để được hưởng một chất lượng dịch vụ tốt; còn lại những đối tượng như người nghèo, con em gia đình nghèo, con em gia đình chính sách, vùng sâu vùng xa thì nhà nước có trách nhiệm hỗ trợ cho những người có đủ điều kiện về kiến thức theo học đại học. 

Bên cạnh đó, Thứ trưởng nêu rõ, đối với những ngành nghề như khoa học cơ bản, người học không có nhu cầu nhưng nhà nước rất cần thì nhà nước sẽ đặt hàng với các trường và sẽ lo tài chính để đảm bảo không mất cân đối cơ cấu các ngành học.

Theo PGS., TS. Đinh Văn Nhã, hiện nay các cơ sở giáo dục đào tạo được giao tự chủ chi nhưng lại không được giao tự chủ thu, đây là 1 cơ chế hơi nghịch lý với một yêu cầu rất quan trọng là các cơ sở giáo dục đào tạo, nhất là các cơ sở có thể có nguồn thu cao đang được vận động, khuyến khích chuyển sang hoạt động theo cơ chế như một DN.

Tại Hội thảo, các chuyên gia đã đánh giá và chia sẻ kinh nghiệm thành công về việc thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ đối với các cơ sở giáo dục đại học công lập giai đoạn 2008-2012; trao đổi những khó khăn, vướng mắc, nguyên nhân và đề xuất các giải pháp chính sách nhằm mở rộng hơn nữa việc giao quyền tự chủ về tài chính gắn với tự chịu trách nhiệm, tăng cường công tác nghiên cứu khoa học trong các cơ sở giáo dục đại học công lập. Bên cạnh đó, các chuyên gia cũng đã cùng nhao trao đổi, thảo luận về nội dung Đề án thí điểm đặt hàng đào tạo và Đề án thí điểm việc mở rộng quyền tự chủ về cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với nhóm các cơ sở giáo dục đại học công lập có đào tạo các chuyên ngành có nhu cầu cao trên thị trường.