Hợp đồng trọn gói là loại hợp đồng cơ bản được áp dụng nhiều trong lĩnh vực đầu tư xây dựng hiện nay. Khi kiểm toán giá loại hợp đồng này, để đưa ra những nhận xét, đánh giá và kiến nghị đảm bảo cơ sở pháp lý, tính đúng đắn, trung thực, khách quan và khả thi thì mỗi KTV cần am hiểu sâu sắc về thực trạng, bản chất của nó, thông qua việc tiếp thu đầy đủ có phân tích một số khía cạnh, cụ thể như sau:

Một là, hợp đồng trọn gói là hợp đồng có giá cố định trong suốt thời gian thực hiện đối với toàn bộ nội dung công việc trong hợp đồng. Tuy nhiên, với gói thầu xây lắp, trong quá trình thương thảo, hoàn thiện hợp đồng, các bên liên quan phải rà soát lại bảng khối lượng công việc theo thiết kế được duyệt. Nếu phát hiện bảng số lượng, khối lượng công việc chưa chính xác so với thiết kế, bên mời thầu báo cáo chủ đầu tư xem xét, quyết định việc điều chỉnh khối lượng công việc để bảo đảm phù hợp với thiết kế (điểm a và d, khoản 1, Điều 62 Luật Đấu thầu số 43/2013/QH13).

Hai là, hình thức thanh toán của hợp đồng trọn gói là theo tỷ lệ phần trăm của giá hợp đồng hoặc giá công trình, hạng mục công trình, khối lượng công việc tương ứng với các giai đoạn thanh toán mà các bên đã thỏa thuận trong hợp đồng, khi thanh toán không yêu cầu có xác nhận khối lượng hoàn thành chi tiết (khoản 4, Điều 144 Luật Xây dựng số 50/2014/QH13; điểm a, khoản 1, Điều 9 Thông tư số 08/2016/TT-BTC ngày 18/01/2016).

Ba là, khi thực hiện hợp đồng trọn gói, chủ đầu tư chịu trách nhiệm trước pháp luật và người có thẩm quyền về việc tổ chức thực hiện lựa chọn nhà thầu theo quy định của Luật Đấu thầu và các văn bản hướng dẫn; chịu trách nhiệm về tính chính xác của khối lượng thực hiện, đơn giá và giá trị đề nghị thanh toán; đảm bảo tính hợp pháp của các số liệu, tài liệu trong hồ sơ cung cấp cho Kho bạc Nhà nước và các cơ quan chức năng của Nhà nước (khoản 3, Điều 16 Thông tư số 08/2016/TT-BTC ngày 18/01/2016).

Bốn là, hợp đồng xây dựng có hiệu lực là cơ sở pháp lý cao nhất mà bên giao thầu, bên nhận thầu và các bên liên quan có nghĩa vụ thực hiện (điểm a, khoản 3, Điều 6 Nghị định số 37/2015/NĐ-CP).

Năm là, thực tế quá trình kiểm toán cho thấy, việc ký kết, thực hiện nhiều hợp đồng trọn gói có kết cấu nội dung chưa đúng với bản chất của nó (hợp đồng có điều, khoản giao kèo giữa các bên không đúng với tính chất của hợp đồng trọn gói). Ví dụ, nhiều hợp đồng trọn gói có hình thức thanh toán được ký kết là “nghiệm thu thanh toán theo khối lượng thực tế hoàn thành; nghiệm thu thanh toán theo cơ chế, chính sách hiện hành…” mà các hình thức thanh toán này là của loại hợp đồng theo đơn giá (Điều 9 Thông tư số 08/2016/TT-BTC ngày 18/01/2016). 

Khi kiểm toán giá của loại hợp đồng này, cần phải kiểm tra nội dung của hợp đồng xem nó có được xây dựng, thiết lập trên những nguyên tắc cơ bản hay không, để từ đó đưa ra định hướng kiểm toán phù hợp, khả thi nhất. Thực tế nhận thấy rằng, kết cấu loại hợp đồng trọn gói đang áp dụng hiện nay có thể hiển hiện ở hai dạng là “dạng cơ bản” và “dạng lai”. Định hướng kiểm toán đối với hai dạng hợp đồng này như sau:   
Đối với “dạng cơ bản”, đây là hợp đồng có các điều khoản được xây dựng trên cơ sở nền tảng các quy định của pháp luật liên quan đến loại hợp đồng trọn gói. Khi kiểm toán giá gói thầu dạng này, KTV xác định lại giá gói thầu được duyệt, nếu có chênh lệch so với giá trúng thầu thì kiến nghị theo hướng chủ đầu tư thương thảo với nhà thầu giảm (tăng) giá trị hợp đồng để phù hợp với tình hình thực tế và bản vẽ thi công được duyệt theo quy định tại điểm a và d, khoản 1, Điều 62 Luật Đấu thầu số 43/2013/QH13.

Đối với “dạng lai”, đây là dạng hợp đồng hay gặp nhất hiện nay. Loại hợp đồng này có một số khoản ký kết được xây dựng từ những nguyên tắc cơ bản của loại hợp đồng theo đơn giá hoặc loại hợp đồng xây dựng khác (ví dụ, hình thức thanh toán giao kèo là thanh toán theo khối lượng thực tế nghiệm thu; hoặc thanh toán theo cơ chế hiện hành…). Khi kiểm toán giá gói thầu này nó có thể có nhiều hướng xử lý khác nhau. Tuy nhiên, thực tế thường có hai trường hợp cơ bản như sau: Trường hợp thứ nhất, khi phát hiện hồ sơ thiết kế, thi công nghiệm thu có sai sót về khối lượng dẫn đến chênh lệch thì kiến nghị xử lý theo hướng giảm hoặc tăng trực tiếp giá trị chênh lệch theo điều khoản hợp đồng đã ký kết (điều khoản thanh toán ký kết của hợp đồng); Trường hợp thứ hai, khi phát hiện đơn giá có sai sót thì hướng xử lý theo trường hợp của “dạng cơ bản” như trên.