Theo đó, căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 về hoàn thuế đối với dự án đầu tư; theo quy định tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư; đồng thời, theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, Tổng cục Thuế có hướng dẫn cụ thể về các bước hoàn thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư mới như sau:

Thứ nhất, đối với cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khẩu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT đầu vào của giai đoạn đầu tư (trừ trường hợp thuộc đối tượng không được hoàn thuế theo quy định).

Thứ hai, sau khi kết thúc giai đoạn đầu tư để chuyển sang giai đoạn sản xuất kinh doanh mà còn số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên, thì trên tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (mẫu 02/GTGT) tại kỳ tính thuế kết thúc giai đoạn đầu tư phải thực hiện kê khai vào chỉ tiêu “Thuế GTGT đầu vào còn lại của dự án đầu tư đề nghị hoàn”.

Trường hợp trên tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (mẫu 02/GTGT) tại kỳ tính thuế kết thúc giai đoạn đầu tư chưa kê khai chỉ tiêu “Thuế GTGT đầu vào còn lại của dự án đầu tư đề nghị hoàn” thì thực hiện kê khai bổ sung theo quy định tại điểm b Khoản 4 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.

Khi đáp ứng đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định, các cơ sở kinh doanh lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư gửi về cơ quan thuế quản lý trực tiếp.