Theo Tổng cục Thuế, tại Điều 15 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 hướng dẫn thi hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01/10/2014 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế quy định, việc thực hiện khai thuế theo quý hay theo tháng được ổn định trọn năm dương lịch và ổn định theo chu kỳ 3 năm. Riêng chu kỳ ổn định đầu tiên được xác định tính kể từ ngày 01/10/2014 đến hết ngày 31/12/2016.

Trong chu kỳ khai thuế ổn định theo tháng, nếu người nộp thuê tự phát hiện hoặc qua thanh tra kiểm tra, cơ quan thuế kết luận doanh thu của năm trước liền kề của chu kỳ khai thuế ổn định này từ 50 tỷ đồng trở xuống, người nộp thuế đủ điều kiện để khai thuế giá trị gia tăng theo quý của chu kỳ ổn định đó thì người nộp thuế được lựa chọn hình thức khai thuế theo tháng hoặc quý từ năm tiếp theo liền kề của năm phát hiện cho đến hết chu kỳ ổn định...

Điểm c.8, Khoản 5, Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai GTGT khấu trừ trong trường hợp điều chỉnh giảm số thuế đã đề nghị hoàn trên tờ khai do chưa đảm bảo trường hợp được hoàn và chưa làm hồ sơ đề nghị hoàn thì lập hồ sơ khai bổ sung đồng thời khai số tiền đề nghị hoàn điều chỉnh giảm vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ khai thuế hiện tại.

Khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 hướng dẫn thi hành Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về thuế quy định, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Căn cứ các quy định nếu trên, Tổng cục Thuế hướng dẫn, trường hợp Công ty TNHH MTV thương mại Nga Thanh Đắk Nông năm 2016 có nghĩa vụ nộp tờ khai thuế GTGT theo tháng nhưng Công ty nộp tờ khai thuế GTGT quý 2/2016 đến cơ quan thuế là không đúng quy định.

Đồng thời, ngày 13/10/2016, Công ty đã lập tờ khai bổ sung, điều chỉnh giảm toàn bộ số thuế đã lập tại chỉ tiêu “Tổng số thuế GTGT đề nghị hoàn” và chuyển toàn bộ số thuế GTGT còn được khấu trừ tính đến hết tháng 6/2016 sang kỳ tháng 7/2016.

Do đó, Công ty không được hoàn thuế theo quy định tại Khoản 1, Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013, Công ty tiếp tục được kê khai khấu trừ vào kỳ tiếp theo theo quy định tại Khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính.