Theo đó, tại Công văn số 16362/CT-TTHT gửi Công ty TNHH Công nghệ In Alliance ngày 22/09/2017, Cục Thuế tỉnh Bình Dương cho biết, căn cứ vào khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính thì cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo. Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Thông tư số 130/2016/TT-BTC (dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư).

Về hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý; Trường hợp trong tháng, quý số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo. Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ trong nước còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.

Đối tượng được hoàn thuế trong một số trường hợp xuất khẩu như sau: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu, là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu; đối với gia công chuyển tiếp, là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài; Đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, là DN có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài; đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.

Ngoài ra, theo Điều 6 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Khoản 3, Điều 20, Thông tư số 78/2014/TT-BTC quy định ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế thì miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại Khoản 4 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính và thu nhập của DN từ thực hiện dự án đầu tư mới tại Khu công nghiệp (trừ Khu công nghiệp nằm trên địa bàn có điều kiện – kinh tế xã hội thuận lợi).

Đồng thời, căn cứ khoản 4 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung điểm a khoản 6 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 5 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) quy định về ưu đãi đối với đầu tư mở rộng như sau: DN có dự án đầu tư phát triển dự án đầu tư đang hoạt động như mở rộng quy mô sản xuất, nâng cao công suất, đổi mới công nghệ sản xuất (gọi chung là dự án đầu tư mở rộng) thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế TNDN theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP (bao gồm cả khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu công nghiệp trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn các quận nội thành của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và Khu công nghiệp nằm trên địa bàn các đô thị loại I trực thuộc tỉnh). Nếu đáp ứng một trong ba tiêu chí quy định tại điểm này thì được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế TNDN theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại (bao gồm mức thuế suất, thời gian miễn giảm nếu có) hoặc được áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại (không được hưởng mức thuế suất ưu đãi) bằng với thời gian miễn thuế, giảm thuế áp dụng đối với dự án đầu tư mới trên cùng địa bàn hoặc lĩnh vực ưu đãi thuế TNDN. Trường hợp DN chọn hưởng ưu đãi thuế TNDN theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại thì dự án đầu tư mở rộng đó phải thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế TNDN theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP đồng thời cũng thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn với dự án đang hoạt động. Dự án đầu tư mở rộng quy định tại điểm này phải đáp ứng một trong các tiêu chí sau: 

Thứ nhất, nguyên giá tài sản cố định tăng thêm khi dự án đầu tư hoàn thành đi vào hoạt động đạt tối thiểu từ 20 tỷ đồng đối với dự án đầu tư mở rộng thuộc lĩnh vực hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP của Chính phủ hoặc từ 10 tỷ đồng đối với các dự án đầu tư mở rộng thực hiện tại các địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP.

Thứ hai, tỷ trọng nguyên giá tài sản cố định tăng thêm đạt tối thiểu từ 20% so với tổng nguyên giá tài sản cố định trước khi đầu tư.

Thứ ba, công suất thiết kế khi đầu tư mở rộng tăng thêm tối thiểu từ 20% so với công suất thiết kế theo luận chứng kinh tế kĩ thuật trước khi đầu tư ban đầu.

Trường hợp DN chọn hưởng ưu đãi theo diện đầu tư mở rộng thì phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng được hạch toán riêng. Trường hợp DN không hạch toán riêng được phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại thì thu nhập từ hoạt động đầu tư mở rộng xác định theo tỷ lệ giữa nguyên giá tài sản cố định đầu tư mới đưa vào sử dụng cho sản xuất, kinh doanh trên tổng nguyên giá tài sản cố định của DN. Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại khoản này được tính từ năm dự án đầu tư mở rộng hoàn thành đưa vào sản xuất, kinh doanh có thu nhập; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mở rộng thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư phát sinh doanh thu.

Căn cứ các quy định nêu trên và hồ sơ do Công ty TNHH Công nghệ In Alliance cung cấp thì Công ty được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu số 463043000165  ngày 29/5/2008 với tiến độ thực hiện dự án đã đi vào hoạt động. Công ty đang thực hiện kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Vào tháng  01/2017, Công ty TNHH Công nghệ In Alliance được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thay đổi lần thứ  06 về tăng vốn đầu tư, tăng quy mô dự án với tiến độ thực hiện dự án đã đi vào hoạt động, đồng thời đã kê khai thuế GTGT của việc mua sắm tài sản cố định của dự án đầu tư đã đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh trên tờ khai thuế GTGT theo mẫu số 01/GTGT nên không thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính. Công ty được hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu nếu thuộc trường hợp hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu quy định tại khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC và đáp ứng điều kiện hoàn thuế được quy định tại Điều 16, khoản 1, Điều 19 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài Chính.

Về ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư mở rộng: Trường hợp dự án đầu tư mở rộng của Công ty TNHH Công nghệ In Alliance thực hiện đúng mục tiêu, đúng tiến độ dự án đầu tư và đáp ứng một trong các tiêu chí về dự án đầu tư mở rộng thuộc lĩnh vực, địa bàn ưu đãi thuế theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP thì phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại được hưởng ưu đãi thuế TNDN trừ các khoản thu nhập a, b, c nêu tại khoản 1 điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC.

Công ty được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế TNDN theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại (nếu có) hoặc được áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại (không được hưởng mức thuế suất ưu đãi) bằng với thời gian miễn thuế, giảm thuế áp dụng đối với dự án đầu tư mới trên cùng địa bàn, lĩnh vực ưu đãi thuế TNDN (miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế TNDN trong 4 năm). Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm dự án đầu tư mở rộng hoàn thành đưa vào sản xuất, kinh doanh có thu nhập; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mở rộng thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư phát sinh doanh thu.

Công ty TNHH Công nghệ In Alliance phải tổ chức hạch toán riêng từng phần thu nhập để xác định ưu đãi thuế TNDN theo quy định. Trường hợp Công ty không hạch toán riêng được phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại thì thu nhập từ hoạt động đầu tư mở rộng được xác định theo tỷ lệ giữa nguyên giá tài sản cố định đầu tư mới đưa vào sử dụng cho sản xuất, kinh doanh trên tổng nguyên giá tài sản cố định của Công ty./.