Năm 2008, Bộ Tài chính đã chính thức cảnh báo cho cơ quan Thuế về giao dịch qua ngân hàng có dấu hiệu phạm tội. Theo nhận định của Bộ Tài chính, qua công tác quản lý thuế, cảnh báo của cơ quan quản lý nhà nước đã phát hiện thủ đoạn lợi dụng việc thanh toán qua ngân hàng của một số cá nhân, doanh nghiệp để thực hiện hành vi mua, bán hoá đơn GTGT, trốn thuế và chiếm đoạt tiền hoàn thuế của nhà nước.

Theo Bộ Tài chính, các hiện tượng vi phạm pháp luật về thuế đó là tiền chuyển khoản để thanh toán hàng hoá, dịch vụ được chuyển lòng vòng qua nhiều tài khoản và cuối cùng được hoàn trả lại cho bên bán; một số doanh nghiệp (tập trung nhiều vào công ty cổ phần, trách nhiệm hữu hạn) và một số cá nhân móc nối để tìm đối tượng mua, bán hóa đơn, thoả thuận và nộp tiền vào tài khoản của doanh nghiệp mua hoá đơn khớp với số tiền mà người mua hoá đơn yêu cầu ghi vào hoá đơn; bên mua hoá đơn viết uỷ nhiệm chi đúng với số tiền đã nộp để chuyển số tiền đã nộp sang tài khoản của bên bán hoá đơn, bên bán viết séc bảo chi mang tên đối tượng nhận tiền để làm thủ tục ra ngân hàng rút tiền mặt từ tài khoản của bên bán. Với một khoản vốn nhất định được quay đi, quay lại nhiều lần, các đối tượng đã tạo ra chứng từ thanh toán qua ngân hàng với các hoá đơn sẽ được khấu trừ thuế, hoàn thuế.

Để ngăn chặn tình trạng này, kể từ ngày 1/1/2009, Bộ Tài chính thực hiện quy định bắt buộc đối với các doanh nghiệp (DN) về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT. Theo đó, các hóa đơn có giá trị thanh toán từ 20 triệu trở lên đều thực hiện qua ngân hàng thì mới được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Đây được xem là biện pháp nhằm hạn chế được rủi ro đối với việc khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào tương đương với giá trị hàng hoá, dịch vụ có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.

Về phía Tổng cục Thuế yêu cầu bắt buộc các cục thuế, chi cục thuế khi tiến hành kiểm tra, thanh tra thuế GTGT, thuế Thu nhập doanh nghiệp tại doanh nghiệp phải lưu ý kiểm tra chặt chẽ kể cả với các giao dịch thanh toán qua ngân hàng.

Ngoài việc kiểm tra điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng được khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo chế độ qui định hiện hành, cơ quan Thuế cần kiểm tra các sổ sách, chứng từ liên quan để xác định thực tế doanh nghiệp có hoạt động mua, bán hàng hoá dịch vụ phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh như: Chứng từ, sổ sách về mua, bán hàng hoá; chứng từ, sổ sách xuất nhập kho hàng hoá; chứng từ, sổ sách hạch toán về doanh thu, chi phí, công nợ có liên quan; sổ chi tiết về tiền gửi ngân hàng, tiền mặt... Qua đó nhằm phát hiện doanh nghiệp sử dụng hoá đơn không hợp pháp để khấu trừ thuế GTGT, hoàn thuế hoặc hợp pháp hoá đầu vào (kể cả các trường hợp mua hàng hoá được thanh toán qua ngân hàng).

Tuy nhiên, tại Hội nghị sơ kết 5 năm phối hợp giữa Tổng cục Thuế và Tổng cục Cảnh sát trong đấu tranh phòng, chống tội phạm lĩnh vực thuế (2008-2013), cả hai ngành đã thừa nhận hiện tại nhiều địa phương đã xuất hiện loại tội phạm lợi dụng việc giao dịch, thanh toán qua ngân hàng để thanh toán, khấu trừ thuế nhưng thực chất các giao dịch này là giả. Dấu hiệu phạm tội của các đối tượng rất tinh vi, kín kẽ như: Lập DN “ma” gian lận bằng cách khi bán hóa đơn ghi khống trị giá hàng hóa dưới 20 triệu đồng hoặc viết thành nhiều hóa đơn, với mục đích là không phải thanh toán qua ngân hàng.

Thậm chí, đối với những hợp đồng “ma” có giá trị lớn, các đối tượng giao dịch khống qua ngân hàng dưới hình thức người bán hóa đơn khống từ DN “ma” yêu cầu DN mua hóa đơn phải mở tài khoản tại cùng một ngân hàng với DN “ma” bán hóa đơn. Mục đích của việc này là để mọi giao dịch thanh toán chỉ diễn ra trong một ngày (có thanh toán qua ngân hàng nhưng thực tế không phát sinh hoạt động kinh tế)…

Trước thực trạng này, Bộ Tài chính yêu cầu cơ quan Thuế kiên quyết trong việc rà soát chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Cụ thể, đối với những hình thức chứng từ thanh toán qua ngân hàng đã rõ (hình thức thư tín dụng L/C, uỷ nhiệm chi) thì được chấp nhận là đáp ứng đúng về hình thức chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

Đối với những hình thức chứng từ thanh toán qua ngân hàng chưa thể khẳng định tính chính xác ngay tại hồ sơ như: Séc, thẻ ngân hàng, sim điện thoại hoặc các hình thức thanh toán qua ngân hàng tương tự thì yêu cầu cơ quan quản lý  thuế thực hiện kiểm tra tính hợp pháp, tính phù hợp của hình thức thanh toán trước khi xem xét, giải quyết hoàn thuế GTGT.

Đồng thời, đối với trường hợp có dấu hiệu phạm tội trong lĩnh vực thuế như: Trốn thuế; gian lận về thuế; lừa đảo chiếm đoạt hoàn thuế GTGT; mua bán, sử dụng trái phép hoá đơn thì chuyển cơ quan Công an xử lý theo quy định của pháp luật.

Với sự vào cuộc quyết liệt của cơ quan Thuế, cùng sự hỗ trợ của các ngành liên quan, sẽ kịp thời ngăn chặn gian lận về chứng từ thanh toán qua ngân hàng để hoàn thuế chiếm đoạt tiền của Nhà nước.