Mặc dù ghi nhận những những cải tiến mạnh mẽ về thủ tục hành chính trong lĩnh vực hải quan, nhưng tại Hội nghị tuyên truyền Cơ chế một cửa, đề án kiểm tra chuyên ngành và các cam kết tạo thuận lợi thương mại do Tổng cục Hải quan phối hợp với Diễn đàn Kinh tế Tư nhân Việt Nam, Hội doanh nhân trẻ thành phố Hà Nội, Hiệp hội DN nhỏ và vừa TP. Hà Nội tổ chức, các ý kiến của DN nêu vẫn gặp nhiều khó khăn trong quá trình XNK hàng hóa, do trở ngại từ thủ tục kiểm tra hàng hóa chuyên ngành. Đại diện Diễn đàn kinh tế tư nhân Việt Nam đánh giá, trong khi thủ tục hải quan chỉ chiếm 28% thời gian thông quan hàng hóa, thủ tục kiểm tra chuyên ngành chiếm đến 72% và làm tăng chi phí kinh doanh của DN.

Đây cũng được coi là một trong những “nút thắt” trong cải cách thủ tục hành chính, theo tinh thần Nghị quyết 19/NQ-CP. Thực tế kiểm tra chuyên ngành quá mức cần thiết đang là lực cản cơ bản đối với nỗ lực cải thiện chỉ số “Giao dịch thương mại qua biên giới”, làm tăng chi phí bất hợp lý và tạo gánh nặng quá mức đối với DN.  

Từ những bất cập trong công tác kiểm tra chuyên ngành, đại diện Diễn đàn kinh tế tư nhân Việt Nam cho rằng cần cắt giảm nhiều thủ tục không cần thiết như: Bãi bỏ thủ tục cấp Giấy xác nhận công bố phù hợp với quy định an toàn vệ sinh thực phẩm; bãi bỏ giấy phép XNK tự động một số mặt hàng như phân bón, hóa chất, thép; hàng NK gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh; hàng điện tử viễn thông phi mậu dịch… 

Về phía Tổng cục Hải quan, vẫn đang tiếp tục chủ động, phối hợp, kiến nghị các bộ quản lý chuyên ngành thực hiện đầy đủ các giải pháp đổi mới căn bản phương thức kiểm tra chuyên ngành như: Kiểm tra chuyên ngành trước khi thông quan có trọng tâm, trọng điểm tại các thời điểm phù hợp; xây dựng và hoàn thiện bộ máy kiểm tra chuyên ngành đáp ứng với yêu cầu thực tiễn; áp dụng quản lý rủi ro trong kiểm tra chuyên ngành…