Theo đó, từ ngày 15/1/2019, lệ phí cấp mới giấy phép khai thác thuỷ sản là 40.000 đồng/lần. Trường hợp gia hạn hoặc cấp lại sẽ là 20.000 đồng/lần. Tổ chức thu lệ phí nộp 100% tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước.

Mức thu phí, lệ phí cụ thể như sau:

Thông tư số 118/2018/TT-BTC nêu rõ, chậm nhất là ngày 20 hàng tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước.

Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp số tiền phí, lệ phí thu được theo tháng, quyết toán năm theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 19, khoản 2 Điều 26 Thông tư số 156/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP.

Về việc quản lý phí, đối với tổ chức quản lý cảng cá là đơn vị sự nghiệp công lập thì trích 90% số tiền phí thẩm định xác nhận nguồn gốc nguyên liệu thủy sản thu được để chi cho các nội dung quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP; nộp 10% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.

Trường hợp tổ chức quản lý cảng cá là doanh nghiệp, tiền phí thu được là doanh thu của tổ chức quản lý cảng cá. Tổ chức quản lý cảng cá được giữ lại 100% số tiền phí thu được để trang trải cho việc thu phí và phải khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật.

Đối với tổ chức thu lệ phí, nộp 100% tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện công việc và thu lệ phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước.

Thông tư số 118/2018/TT-BTC có hiệu lực thi hành từ ngày 15/1/2019.