Thông tư này hướng dẫn quy trình thí điểm thu, nộp các khoản phí, lệ phí phát sinh khi làm thủ tục xuất nhập khẩu hàng hóa, xuất nhập cảnh người, phương tiện, quá cảnh hàng hóa, phương tiện tại cửa khẩu quốc tế Lao Bảo, tỉnh Quảng Trị trên Hành lang kinh tế Đông Tây.

Cơ quan Hải quan chủ trì, phối hợp với các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành và Kho bạc nhà nước phải thiết lập hệ thống kết nối và trao đổi thông tin, dữ liệu điện tử để đảm bảo xác định số tiền phí, lệ phí phải nộp của Khách hàng; số tiền phí, lệ phí mà Khách hàng đã nộp tại Kho bạc nhà nước theo quy trình tại Điều 3 Thông tư này; số tiền phí, lệ phí được trích để lại cho cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành và số tiền nộp ngân sách nhà nước theo quy định hiện hành.

Hàng tháng, căn cứ vào số tiền phí, lệ phí thu được, Kho bạc nhà nước phối hợp với các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cửa khẩu Lao Bảo thực hiện:

Một là, trích chuyển số tiền phí, lệ phí được để lại theo tỷ lệ phần trăm (%) quy định tại các văn bản về thu phí, lệ phí hiện hành để chuyển vào tài khoản của các cơ quan: Bộ đội biên phòng, Hải quan, Kiểm dịch y tế, Kiểm dịch động vật, Kiểm dịch thực vật. Số còn lại nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định.

Hai là, đối chiếu (qua hệ thống mạng kết nối thông tin) về số tiền phí, lệ phí thu được, trích để lại cho cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành và nộp ngân sách nhà nước theo quy định.

Thông tư cũng nêu rõ, sau một năm kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành, Bộ Tài chính có trách nhiệm phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Y tế, Bộ Quốc phòng và Uỷ ban nhân dân tỉnh Quảng Trị tiến hành tổng kết, đánh giá tình hình triển khai thực hiện thí điểm mô hình “một cửa, một lần dừng” theo hướng dẫn tại Thông tư này.