Theo Quyết định số 46/2013/QĐ-TTG, đối tượng tiếp tục được áp dụng thí điểm chế độ chi đặc thù về lương, thưởng bao gồm: Cán bộ, công chức, viên chức tại cơ quan Văn phòng Cục Hàng hải Việt Nam, 2 Chi Cục Hàng hải và lực lượng thanh tra chuyên ngành hàng hải thuộc Cục Hàng hải Việt Nam.

Cục thể, tiền lương bình quân của các đối tượng trên được áp dụng hệ số tiền lương 1,8 lần mức lương đối với cán bộ, công chức, viên chức do Nhà nước quy định (lương ngạch, bậc và các loại phụ cấp, trừ chế độ trả lương làm việc vào ban đêm, làm thêm giờ).

Thưởng an toàn, an ninh hàng hải được áp dụng mức 15% lương cấp bậc, chức vụ, không bao gồm các khoản phụ cấp cho cán bộ, công chức trực tiếp làm công tác quản lý, giám sát, bảo đảm an toàn, an ninh hàng hải.

Kinh phí bảo đảm chế độ chi đặc thù được bố trí từ nguồn thu phí cảng vụ hàng hải được để lại chi theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính tại các Cảng vụ Hàng hải.

Nguồn kinh phí giao tự chủ nếu có tiết kiệm, Cục Hàng hải Việt Nam được chi cho các nội dung theo quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005, trong đó, bổ sung thu nhập cho cán bộ, công chức tối đa không quá 1,0 lần so với mức tiền lương cấp bậc, chức vụ do Nhà nước quy định.