Theo thống kê của Tổng cục Thuế, từ ngày 1/1/2022 đến ngày 17/5/2023, số hồ sơ cơ quan thuế đã giải quyết hoàn thuế là 4.760 hồ sơ, tương ứng số tiền đã được hoàn là 19.100 tỷ đồng.

Cùng với đó, số hồ sơ doanh nghiệp DN hủy đề nghị hoàn là 215 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 1.514 tỷ đồng do DN sau khi gửi hồ sơ đề nghị hoàn thì tự rà soát đối chiếu với quy định về hoàn thuế nhận thấy hồ sơ của DN bị thiếu, kê khai sai, cần điều chỉnh số liệu... cần thời gian để xem xét lại hồ sơ, sổ sách chứng từ. 

Số hồ sơ cơ quan thuế từ chối đề nghị hoàn 44 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 310 tỷ đồng. Nguyên nhân từ chối là do cơ quan thuế rà soát đối chiếu theo quy định của pháp luật thì thấy DN nộp hồ sơ thiếu, sai mẫu hồ sơ đề nghị hoàn, hồ sơ đề nghị hoàn không đủ thủ tục...

Tổng cục Thuế cũng cho biết, số hồ sơ đề nghị hoàn chưa được cơ quan thuế giải quyết là 199 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 1.119 tỷ đồng. Con số này chiếm tỷ lệ 4,18% so với tổng số hồ sơ cơ quan thuế đã giải quyết hoàn (199/4.760 hồ sơ) do nhiều nguyên nhân như do hồ sơ đang trong thời gian giải quyết theo quy định; DN đã được chuyển hồ sơ sang cơ quan công an để điều tra, xác minh; do DN xin tạm dừng, hoãn thời gian kiểm tra; do DN chưa cung cấp đủ hồ sơ tài liệu số liệu, do đang chờ kết quả xác minh... 

Theo Tổng cục Thuế, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, đối với các hồ sơ cần thực hiện xác minh thì cơ quan thuế chủ yếu xác minh đến DN trung gian bán hàng trực tiếp cho DN hoàn thuế (DN F1). 

Trong 548 hồ sơ cơ quan thuế thực hiện xác minh các DN trung gian, có 490 hồ sơ xác minh đến DN trung gian F1 (chiếm tỷ lệ 89,4% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 45 hồ sơ xác minh đến DN trung gian F2 (chiếm tỷ lệ 8,2% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 3 hồ sơ xác minh đến DN trung gian F3 (chiếm tỷ lệ 0,55% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 5 hồ sơ xác minh đến DN trung gian F4 (chiếm tỷ lệ 0,95% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh), 5 hồ sơ xác minh đến DN trung gian cuối cùng (người dân, hộ trồng rừng) (chiếm tỷ lệ 0,9% trên tổng số hồ sơ thực hiện xác minh).

Đáng chú ý, Tổng cục Thuế cho biết, qua rà soát thông tin dữ liệu tổng thể của cả ngành Thuế đối với các DN kinh doanh mặt hàng gỗ và sản phẩm từ gỗ thì có đến 7.609 DN bỏ địa chỉ kinh doanh, tạm dừng hoạt động. Đặc biệt trong những DN này, có 24 DN nằm trong vụ án đã khởi tố, điều tra về tội mua bán hóa đơn bất hợp pháp trong thời gian qua.

Trong năm 2022 và 5 tháng đầu năm 2023, cơ quan thuế đã chuyển hồ sơ của 9 DN trực tiếp đề nghị hoàn thuế GTGT mặt hàng gỗ và sản phẩm làm từ gỗ, dăm gỗ, viên nén gỗ sang cơ quan Công an để phối hợp điều tra, xác minh (không kể các DN trung gian bán hàng cho DN hoàn thuế nêu trên), nguyên nhân do DN có dấu hiệu sử dụng hoá đơn khống để hoàn thuế, DN mua hàng của DN có rủi ro cao về thuế.