Phân tích hàng hóa xuất nhập khẩu là việc cơ quan hải quan kiểm tra thực tế mẫu hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại các đơn vị phân tích phân loại bằng các phương tiện và biện pháp nghiệp vụ kỹ thuật để xác định bản chất, đặc tính thành phần của hàng hóa nhằm phân loại, áp mã số và phục vụ hoạt động quản lý nghiệp vụ hải quan khác.

Nhằm thay thế các quy định trước đây, Quyết định 2999/QĐ-TCHQ đã có nhiều đổi mới quan trọng nhằm nâng cao hiệu quả công tác phân tích, kiểm tra chuyên ngành để xác định hàng hóa đủ điều kiện xuất khẩu, nhập khẩu. Theo đó, Quyết định đã quy định cụ thể các đối tượng, lĩnh vực, mẫu  hàng hóa phân tích, kiểm định như sau:

Thứ nhất, đối tượng phân tích, kiểm định. Quyết định mới đã bổ sung thêm đối tượng phải thực hiện kiểm định hải quan là hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu mà công chức hải quan có cơ sở nghi ngờ gian lận về khai báo tại bộ hồ sơ hải quan không đúng với thực tế hàng hóa xuất nhập khẩu.

Thứ hai, đơn vị lấy mẫu phân tích. Theo quy định mới, Chi cục hải quan nơi quản lý địa điểm lưu trữ hàng hóa có đại diện của người khai hải quan.

Đây là điểm mới tích cực so với văn bản cũ không quy định cụ thể, chỉ đề cập đến đơn vị yêu cầu phân tích nói chung.

Thứ ba, mẫu hàng hóa. Tại Quyết định mới, Tổng cục Hải quan đã bổ sung thêm quy định không lấy mẫu phân tích để phân loại đối với các mặt hàng như:

- Có thể xác định được bản chất làm căn cứ phân loại thông qua hồ sơ, tài liệu kỹ thuật kèm theo hoặc những hàng hóa có thể phân loại được thông qua thông tin tại Cơ sở dữ liệu về Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam; cơ sở dữ liệu về Biểu thuế của cơ quan hải quan.

- Thuộc “Danh mục các mặt hàng không phải lấy mẫu phân tích nhằm mục đích phân loại” trừ trường hợp hàng hóa xuất nhập khẩu thuộc Danh mục này nhưng nghi ngờ có gian lận.

Thứ tư, quyền chuyển mẫu đi kiểm định. Người khai hải quan chỉ được chuyển mẫu cho đơn vị kiểm định khi nhận được ủy quyền của Chi cục hải quan quản lý địa điểm lưu trữ hàng hóa.

Theo quy định cũ thì người khai hải quan được trực tiếp chuyển mẫu đã niêm phong hải quan đi kiểm định.

Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan cũng quy định, đơn vị kiểm định lập phiếu trả lại hồ sơ yêu cầu phân tích phân loại trong trường hợp như: Mẫu hàng hóa có thể xác định được bản chất làm căn cứ phân loại thông qua hồ sơ, tài liệu kỹ thuật kèm theo hoặc những hàng hóa có thể phân loại được thông qua thông tin tại Cơ sở dữ liệu về Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam; cơ sở dữ liệu về Biểu thuế của cơ quan hải quan.

Cùng với là mẫu hàng hóa thuộc Danh mục các mặt hàng không gửi phân tích để phân loại đồng thời tại phiếu yêu cầu phân tích không ghi rõ lý do nghi ngờ gian lận; Mẫu hàng hóa đã có kết quả phân tích phân loại tại cơ sở dữ liệu.

Trường hợp trả lại hồ sơ yêu cầu phân tích phân loại đối với những mẫu hàng đã có kết quả phân tích phân loại tại cơ sở dữ liệu thì công văn trả lại chỉ rõ cơ sở dữ liệu.

Mẫu không được niêm phong hải quan riêng biệt, niêm phong hải quan không đúng theo quy định; bao bì đựng mẫu bị thủng, vỡ khiến mẫu tràn ra ngoài; mẫu bị biến chất, phân hủy, không giữ được tính chất ban đầu của hàng hóa; mẫu lấy không đủ về kích thước, khối lượng như quy định

Trong trường hợp thay thế, đính chính Thông báo kết quả phân tích cần phải căn cứ vào việc các thông báo có sửa đổi/thay thế nội dung không ảnh hưởng đến bản chất mặt hàng, mã số đề xuất/mã số hàng hóa thì ban hành thông báo đính chính.

Mặt khác, các thông báo có sửa đổi/thay thế nội dung dẫn đến thay đổi mã số đề xuất/mã số hàng hóa hoặc bản chất mặt hàng thì gửi toàn bộ hồ sơ phân tích, căn cứ sửa đổi/thay thế và mẫu hàng (khi được yêu cầu) về Cục Kiểm định để được xem xét, hướng dẫn xử lý.