Theo Quyết định số 489/QĐ-TCT, Tổng cục Thuế chỉ đạo cơ quan thuế các cấp thành lập bộ phận đầu mối hoặc đơn vị chức năng được giao thực hiện nhiệm vụ để triển khai thực hiện Quy chế. Đối tượng áp dụng thực hiện Quy chế là cơ quan thuế, bao gồm: Tổng cục Thuế, cục thuế, chi cục thuế, chi cục thuế khu vực. 

Quy chế nêu rõ, cơ quan thuế chuyển tin báo về tội phạm, đề nghị xác minh, điều tra; chuyển hồ sơ kiến nghị khởi tố đến cơ quan điều tra khi phát hiện người nộp thuế có hành vi vi phạm pháp luật về thuế, có dấu hiệu tội phạm như: trốn thuế, chiếm đoạt tiến hoàn thuế; in, phát hành, mua, bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước (NSNN); vi phạm quy định về bảo quản, quản lý hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN (các hành vi vi phạm pháp luật về thuế có dấu hiệu phạm tội).

Mục đích chuyển tin báo, hồ sơ kiến nghị khởi tố nhằm đảm bảo khi cơ quan thuế phát hiện hành vi vi phạm pháp luật về thuế có dấu hiệu tội phạm được xử lý kịp thời và đúng quy định. Đồng thời, tăng cường hiệu quả công tác phối hợp theo đúng chức năng, nhiệm vụ của cơ quan thuế và cơ quan công an; nâng cao hiệu quả thực hiện pháp luật về thuế, phòng chống các hành vi trốn thuế, lừa đảo chiếm đoạt tiền hoàn thuế; in, mua, bán và sử dụng trái phép hoá đơn; vi phạm quy định về bảo quản hóa đơn, chứng từ; chống thất thu NSNN...

Đồng thời, việc ban hành Quy chế cũng nhằm đảm bảo công bằng xã hội; trấn áp tội phạm và các hành vi cố tinh vi phạm pháp luật về thuế, góp phần nâng cao ý thức người nộp thuế, ngăn ngừa, giáo dục, răn đe các tổ chức, cá nhân có các hành vi gian lận về thuế.

Việc chuyển thông tin, hồ sơ phải đảm bảo nguyên tắc tuân thủ theo pháp luật, bảo đảm tính chính xác, khách quan, kịp thời; được thực hiện qua các đơn vị đầu mối tại từng cấp theo nguyên tắc ngang cấp. Quy chế nghiêm cấm việc lợi dụng Quy chế này để làm trái quy định của pháp luật và làm ảnh hưởng đến uy tín của ngành Thuế, quyền lợi của người nộp thuế.

Trong quá trình quản lý, khi phát hiện người nộp thuế có hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu tội phạm nhưng chưa đủ căn cứ để chuyển hồ sơ kiến nghị khởi tố thì cơ quan thuế chuyển thông tin, tài liệu theo hình thức tin báo đến cơ quan điều tra đề nghị điều tra, xác minh.

Đáng chú ý, một số hành vi chủ yếu có dấu hiệu vi phạm pháp luật được Tổng cục Thuế yêu cầu các cơ quan thuế chú trọng là: hàng hóa, dịch vụ bán ra có căn cứ xác định giá bán, giá chuyển nhượng ghi trên hợp đồng thấp hơn giá thị trường trong các trường hợp có giá trị giao dịch lớn như: chuyển nhượng vốn, bất động sản, phương tiện giao thông, vận tải...; hóa đơn giá trị gia tăng có dấu hiệu rủi ro; các giao dịch đáng ngờ qua ngân hàng từ cơ quan thanh tra giám sát ngân hàng chuyển tới; các giao dịch đáng ngờ do cơ quan thuế thu thập, phát hiện; các thông tin từ các cơ quan thuế quốc tế, đơn thư khiếu nại, tố cáo, thông tin từ các vụ án liên quan…