Trước những thắc mắc của các Cục Hải quan về quy định tại Điều 8, Thông tư 152/2011/TT-BTC 5 trường hợp được hoàn thuế bảo vệ môi trường nhưng không có trường hợp NK để sản xuất hàng XK. Từ ngày 1.9.2016, thuế bảo vệ môi trường đối với nguyên liệu sản xuất hàng XK phải nộp ngay và không có cơ sở để giải quyết hoàn thuế đã nộp sau khi XK sản phẩm. Nguyên liệu để gia công, sản xuất hàng XK có sử dụng tại Việt Nam, có gây hại đến môi trường, nếu không được miễn thuế thì đề nghị quy định cụ thể không được hoàn thuế đã nộp.

Tổng cục Hải quan, Bộ Tài chính khẳng định, việc áp dụng thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tự vệ đã được hướng dẫn tại công văn số 17707/BTC-TCHQ ngày 14.12.2016 của Bộ Tài chính, theo đó việc áp dụng thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp (về thời điểm tính thuế, thời hạn nộp thuế, miễn thuế, hoàn thuế…) được thực hiện như thuế NK và các văn bản hướng dẫn thi hành. Đồng thời, căn cứ Luật Thuế bảo vệ môi trường, Thông tư 152/2011/TT-BTC ngày 11.11.2011, Thông tư số 159/2012/TT-BTC ngày 28.9.2012 của Bộ Tài chính thì hàng hóa NK để sản xuất hàng XK không thuộc đối tượng không chịu thuế bảo vệ môi trường, không thuộc đối tượng hoàn thuế bảo vệ môi trường.