Theo Luật Quản lý thuế (sửa đổi), hóa đơn điện tử là hóa đơn có mã hoặc không có mã của cơ quan thuế được thể hiện ở dạng dữ liệu điện tử do tổ chức, cá nhân bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ lập, ghi nhận thông tin bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ theo quy định của pháp luật về kế toán, pháp luật về thuế bằng phương tiện điện tử, bao gồm cả trường hợp hóa đơn được khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế.

Hóa đơn điện tử bao gồm hóa đơn giá trị gia tăng, hóa đơn bán hàng, tem điện tử, vé điện tử, thẻ điện tử, phiếu thu điện tử, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử hoặc các chứng từ điện tử có tên gọi khác. Hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế là hóa đơn điện tử được cơ quan thuế cấp mã trước khi tổ chức, cá nhân bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ gửi cho người mua. Việc cấp mã của cơ quan thuế trên hóa đơn điện tử dựa trên thông tin của DN, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh lập trên hóa đơn. DN, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh chịu trách nhiệm về tính chính xác của các thông tin trên hóa đơn. Trong khi đó, hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế là hóa đơn điện tử do tổ chức bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ gửi cho người mua không có mã của cơ quan thuế… 

Về nguyên tắc lập, quản lý, sử dụng hóa đơn điện tử, theo quy định của Luật Quản lý thuế (sửa đổi), khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn điện tử để giao cho người mua theo định dạng chuẩn dữ liệu mà cơ quan thuế quy định và phải ghi đầy đủ nội dung theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về kế toán, không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Các DN, tổ chức kinh tế sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán và các trường hợp xác định được doanh thu khi bán hàng hoá, dịch vụ sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.

Cần lưu ý rằng, các DN kinh doanh trong lĩnh vực điện lực, xăng dầu, bưu chính viễn thông, nước sạch, tài chính tín dụng, bảo hiểm, y tế, kinh doanh thương mại điện tử, kinh doanh siêu thị, thương mại, vận tải hàng không, đường bộ, đường sắt, đường biển, đường thủy và DN, tổ chức kinh tế đã hoặc sẽ thực hiện giao dịch với cơ quan thuế bằng phương tiện điện tử, xây dựng hạ tầng công nghệ thông tin, có hệ thống phần mềm kế toán, phần mềm lập hóa đơn điện tử đáp ứng lập, tra cứu hóa đơn điện tử, lưu trữ dữ liệu hóa đơn điện tử theo quy định và bảo đảm việc truyền dữ liệu hóa đơn điện tử đến người mua và đến cơ quan thuế thì được sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, trừ trường hợp rủi ro về thuế cao theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính và trường hợp đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.

Tổng cục Thuế cũng lưu ý, trong trường hợp hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không đáp ứng điều kiện phải sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế nhưng cần có hóa đơn để giao cho khách hàng hoặc trường hợp DN, tổ chức kinh tế, tổ chức khác được cơ quan thuế chấp nhận cấp hóa đơn điện tử để giao cho khách hàng thì được cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã theo từng lần phát sinh và phải khai thuế, nộp thuế trước khi cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh.

Theo đại diện Tổng cục thuế, việc quy định cụ thể về áp dụng hóa đơn điện tử trong Luật Quản lý thuế đã thể hiện quyết tâm của Chính phủ trong việc áp dụng hóa đơn điện tử trên diện rộng; góp phần giảm thiểu chi phí, rút ngắn thời gian và hạn chế sai sót. Theo tính toán của Công ty Cổ phần MISA, tổng chi phí sử dụng hóa đơn giấy trung bình là 15.000 đồng gồm phí chuyển phát nhanh, thêm chi phí viễn thông, lưu kho, thất lạc, trong khi đó nếu sử dụng hóa đơn điện tử thì DN chỉ tốn 500 đồng.

Việc sử dụng hóa đơn điện tử cũng góp phần tăng cường tính minh bạch; giúp cơ quan thuế theo dõi được các hoạt động kinh tế; giảm rủi ro của các giao dịch không chính thức. Theo ông Sebastian Eckardt, Chuyên gia kinh tế trưởng của Ngân hàng Thế giới (WB) tại Việt Nam, việc đưa quy định về hóa đơn điện tử vào Luật Quản lý thuế (sửa đổi) có ý nghĩa tích cực, giúp tăng cường tính minh bạch; giúp cơ quan thuế theo dõi được các hoạt động kinh tế; giảm rủi ro của các giao dịch không chính thức.