Thông tư số 52/2023/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định rõ nguồn kinh phí thực hiện các nội dung hỗ trợ DNNVV là nguồn ngân sách nhà nước chi thường xuyên, gồm ngân sách trung ương, ngân sách địa phương theo phân cấp ngân sách. Bên cạnh đó còn có nguồn đóng góp, tài trợ của các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước và nguồn kinh phí hợp pháp khác ngoài ngân sách nhà nước. 

Về nguyên tắc quản lý và sử dụng kinh phí, Thông tư số 52/2023/TT-BTC quy định, kinh phí ngân sách nhà nước hỗ trợ DNNVV được thực hiện thông qua dự toán ngân sách nhà nước giao cho các cơ quan, tổ chức hỗ trợ DNNVV.

Quy trình lập, quyết định, giao dự toán, chấp hành và kế toán, kiểm toán, quyết toán ngân sách nhà nước hỗ trợ DNNVV theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước, đảm bảo đúng mục đích, đối tượng, nội dung chi, định mức chi, mức hỗ trợ và nguyên tắc thực hiện hỗ trợ quy định tại Nghị định số 80/2021/NĐ-CP, hướng dẫn tại Thông tư này và các quy định pháp luật khác có liên quan. Việc hỗ trợ căn cứ vào khả năng cân đối nguồn lực và định hướng ưu tiên hỗ trợ trong từng thời kỳ của ngân sách nhà nước hằng năm. 

Còn với nguồn đóng góp, tài trợ, việc huy động, quản lý, thanh quyết toán kinh phí phải tuân thủ đúng quy định pháp luật hiện hành. Trường hợp có thỏa thuận với doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân về việc sử dụng khoản đóng góp, tài trợ chi trả cho phần ngân sách nhà nước hỗ trợ thì thực hiện theo đúng thỏa thuận. 

Theo quy định của Thông tư số 52/2023/TT-BTC, đối với nội dung chi có quy định cụ thể tiêu chuẩn, định mức tại các văn bản pháp lý do cơ quan có thẩm quyền ban hành thì xác định chi phí theo đúng chế độ quy định. 

Đối với nội dung chi chưa có quy định cụ thể tiêu chuẩn, định mức thì xác định chi phí căn cứ trường hợp cụ thể, tính chất, phạm vi và các yếu tố liên quan, có tham khảo chi phí tương tự đã thực hiện trong thời hạn 12 tháng (nếu có) tính đến thời điểm xác định chi phí. 

Bên cạnh đó, các cơ quan, đơn vị quản lý, sử dụng kinh phí thực hiện các nội dung hỗ trợ DNNVV chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc chấp hành quy định tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 4 Thông tư này; tính hợp lý, hợp lệ, hiệu quả, tiết kiệm trong sử dụng kinh phí; tính trung thực, chính xác, minh bạch, đầy đủ pháp lý của hồ sơ, chứng từ liên quan; thu, chi, hạch toán, quyết toán và lưu trữ hồ sơ theo đúng chế độ quy định.

Ngoài ra, tại Thông tư số 52/2023/TT-BTC, Bộ Tài chính cũng quy định cụ thể về việc quyết toán kinh phí ngân sách nhà nước hỗ trợ DNNVV; các nội dung hỗ trợ công nghệ, tư vấn, DNNVV khởi nghiệp sáng tạo, DNNVV tham gia cụm liên kết ngành, chuỗi giá trị; hỗ trợ phát triển nguồn nhân lực cho DNNVV...