Theo Bộ Tài chính, hiện nay, tại Luật Quản lý thuế đã xuất hiện vướng mắc tại quy định về thẩm quyền quyết định hoàn thuế. Theo đó, Luật Quản lý thuế hiện hành chỉ có quy định Cục trưởng Cục Thuế Tỉnh, Thành phố trực thuộc Trung ương có thẩm quyền quyết định hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Trong khi đó, do Cục trưởng Cục Thuế doanh nghiệp lớn hiện không có thẩm quyền quyết định hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo pháp luật thuế nên một số tập đoàn, tổng công ty lớn mặc dù đã được Bộ Tài chính phân công cho Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý nhưng khi phát sinh hoàn thuế giá trị gia tăng lại phải chuyển về cho các cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương giải quyết.

Theo Bộ Tài chính, điều này chưa tạo thuận lợi cho người nộp thuế, dẫn đến việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm và tác động đến hoạt động hoàn thuế, người nộp thuế, các tổ chức, cá nhân có liên quan. Đối với người nộp thuế do chi cục thuế trực tiếp quản lý thì hồ sơ hoàn do chi cục thuế tiếp nhận nhưng Chi cục trưởng Chi cục Thuế lại không có thẩm quyền quyết định hoàn thuế.

Về quy định liên quan đến nguyên tắc quản lý thuế, Bộ Tài chính cũng chỉ ra rằng, pháp luật về quản lý thuế chưa quy định rõ trách nhiệm của công chức trong quản lý thuế, đặc biệt trong lĩnh vực hoàn thuế. Thực tế đã xảy ra tại Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, một số công chức đã bị Tòa án kết tội và phải thực hiện án phạt tù. Vụ việc này gây tâm lý hoang mang, thận trọng trong việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế của các công chức thuế trên toàn quốc, làm ảnh hưởng đến thời gian giải quyết hồ sơ cho người nộp thuế.

Theo quy định của Luật Quản lý thuế, người nộp thuế phải có trách nhiệm tự tính, tự kê khai, tự nộp thuế và chịu trách nhiệm về việc kê khai, nộp thuế của mình theo quy định của pháp luật. Cơ quan thuế sẽ thực hiện hậu kiểm theo nguyên tắc quản lý rủi ro. Hiện nay, dù đã áp dụng hóa đơn điện tử trên toàn quốc tạo thuận lợi cho doanh nghiệp trong hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng nhiều vụ việc mua bán hóa đơn với số tiền thuế lớn vẫn bị cơ quan công an phát hiện trong thời gian qua. Do đó, việc triển khai hóa đơn điện tử không thể ngăn chặn được việc gian lận, mua bán hóa đơn của doanh nghiệp vì hoạt động mua bán, xuất nhập khẩu có thật hay không cơ quan thuế không thể xác định được nếu chưa kiểm tra, xác minh mặc dù doanh nghiệp đã gửi hóa đơn điện tử cho cơ quan thuế. Cán bộ thuế không thể kiểm soát hết được dữ liệu; hệ thống tự động không thể kiểm soát được hết bản chất giao dịch thực tế; gian lận về thuế...

Hơn nữa, cơ quan thuế chưa có chức năng điều tra nên việc xác minh về hoạt động mua bán của người nộp thuế mất rất nhiều thời gian và cần sự phối hợp của nhiều cơ quan, đơn vị như ngân hàng thương mại, đơn vị vận chuyển và các cơ quan quản lý nhà nước (công an, hải quan…). Do đó, việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế trước kiểm tra sau phải có quy định cụ thể trách nhiệm của cơ quan thuế, cán bộ thuế chỉ chịu trách nhiệm theo các thông tin trên hồ sơ doanh nghiệp và cơ quan nhà nước có thẩm quyền cung cấp liên quan đến giải quyết hồ sơ hoàn, không phải chịu trách nhiệm khi doanh nghiệp gian lận trong việc kê khai và cung cấp thông tin không trung thực, không chính xác dẫn đến giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp không đúng quy định.

Để khắc phục những tồn tại này, tại dự thảo Tờ trình dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Ngân sách nhà nước, Luật Quản lý, sử dụng tài sản công, Luật Dự trữ quốc gia, Luật Kế toán, Luật Kiểm toán độc lập, Luật Chứng khoán, Luật Quản lý thuế, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi quy định về thẩm quyền quyết định hoàn thuế (sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 76) theo hướng bổ sung thẩm quyền quyết định hoàn thuế của Cục trưởng Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục trưởng Chi cục Thuế và Chi cục trưởng Chi cục Thuế khu vực.

Đồng thời, Bộ Tài chính cũng đề xuất sửa đổi, bổ sung quy định liên quan đến nguyên tắc quản lý thuế (sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 5) theo hướng bổ sung quy định trách nhiệm của công chức quản lý thuế để thực hiện đầy đủ chức trách nhiệm vụ được giao theo quy định của pháp luật nhằm phục vụ tốt nhất cho việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.