Song, lĩnh vực kinh doanh thương mại điện tử đang đặt ra nhiều thách thức với cơ quan thuế khi tiến hành thanh tra, kiểm tra. Ví dụ, người nộp thuế xóa dữ liệu hoặc không cung cấp dữ liệu của máy chủ; khó khai thác được các khoản doanh thu không kê khai hoặc kê khai chưa đầy đủ trong giao dịch mua bán thương mại điện tử trên hệ thống máy chủ hoặc mạng internet; các cá nhân, tổ chức hoàn toàn có thể thực hiện các giao dịch qua mạng internet từ khâu đặt hàng cho đến khâu thanh toán…

Vì vậy, dù cơ quan thuế đã nghiên cứu việc quản lý thuế đối với hoạt động bán mã code qua mạng và hình thức bán hàng của người nước ngoài trên mạng internet, nghiên cứu áp dụng chính sách thuế đối với loại hình kinh doanh quảng cáo cho trò chơi điện tử trên thiết bị di động… nhưng hiện số doanh nghiệp kinh doanh thương mại điện tử thuộc diện thanh tra, kiểm tra đạt chưa đến 10%. Điều này ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả thu thuế cho ngân sách nhà nước trong lĩnh vực này.

Đại diện Tổng cục Thuế cũng thừa nhận, trình độ về tin học, ngoại ngữ của cán bộ thuế còn yếu nên chưa đáp ứng yêu cầu thanh, kiểm tra lĩnh vực kinh doanh thương mại điện tử. Các giao dịch thương mại điện tử chủ yếu thực hiện trên mạng internet nên phải có ứng dụng, phần mềm hỗ trợ việc truy lần dấu vết giao dịch, xuất dữ liệu lịch sử giao dịch làm bằng chứng đấu tranh đối với việc che giấu các hành vi vi phạm của người nộp thuế. Tuy nhiên, việc thu thập dữ liệu về lịch sử giao dịch, sao kê tài khoản ngân hàng từ các ngân hàng cung cấp dịch vụ thanh toán hoặc các đơn vị làm trung gian thanh toán cho cơ quan thuế cũng gặp nhiều khó khăn vì thiếu cơ chế phối hợp.

Để tăng cường kiểm soát các giao dịch thương mại điện tử, một số chuyên gia cho rằng, Chính phủ cần rà soát, sửa đổi, bổ sung các văn bản pháp luật về thuế hiện hành để phù hợp với sự phát triển, cũng như tình hình thực tế hoạt động của doanh nghiệp kinh doanh thương mại điện tử. Cơ quan thuế cần tập trung nguồn lực quản lý, chú trọng các loại hình thương mại điện tử đang phát triển mạnh và rủi ro cao như: kinh doanh trò chơi trực tuyến (gameonline); cung cấp dịch vụ quảng cáo trực tuyến; sàn giao dịch thương mại điện tử...

Phối hợp với các cơ quan quản lý để trao đổi, thu thập thông tin của các đơn vị có hoạt động thương mại điện tử; thông tin về việc đăng ký website sàn thuơng mại điện tử, đăng ký tên miền, thuê máy chủ, thuê đường truyền dẫn, thanh toán qua ngân hàng. Bên cạnh đó, tiến hành rà soát các đối tượng mới phát sinh từ hoạt động kinh doanh qua mạng không có cơ sở thường trú tại Việt Nam để xây dựng cơ chế quản lý phù hợp với thông lệ quốc tế, chống thất thu thuế.

Xây dựng các chương trình đào tạo chuyên sâu nhằm trang bị cho cán bộ thuế các kiến thức về thương mại điện tử và công nghệ thông tin; đào tạo về kỹ năng khai thác dữ liệu điện tử để phục vụ công tác thanh tra tại các cơ sở kinh doanh.