Sau gần 7 năm thực hiện Nghị định số 80/2007 ngày 19/5/2007 về doanh nghiệp KHCN và gần 2 năm thực hiện Quyết định số 592/2012 của Thủ tướng Chính phủ về Chương trình hỗ trợ phát triển doanh nghiệp KHCN, tổ chức KHCN công lập, các doanh nghiệp KHCN đã được hình thành và bước đầu hoạt động hiệu quả. Tuy nhiên, đến nay mới chỉ công nhận được khoảng trên 100 doanh nghiệp KHCN, trong tổng số trên 200 hồ sơ xin đề nghị cấp trên phạm vi toàn quốc. Số lượng các doanh nghiệp KHCN được công nhận phân bố không đồng đều, quy mô nhỏ là chủ yếu. Các doanh nghiệp làm ăn tốt chủ yếu tập trung ở các lĩnh vực giống nông nghiệp, chế biến dược liệu. Các doanh nghiệp trong lĩnh vực điện tử phần mềm, công nghệ sinh học và một số lĩnh vực công nghệ cao khác hầu như chưa đăng ký hoặc chưa được công nhận. So với mục tiêu của Nghị định 80 thì kết quả hiện nay cách khá xa cả về số lượng và chất lượng. 

Nhiều ý kiến cho rằng, sở dĩ số lượng doanh nghiệp KHCN còn khiêm tốn, một phần là do các chính sách được ban hành còn có những hạn chế và những điểm không còn phù hợp với thực tiễn. Cụ thể là việc triển khai thực hiện Nghị định 80 trong thời gian qua cho thấy, mô hình doanh nghiệp KHCN mà nghị định đã đề cập đến thường bị tách làm 2 kiểu mô hình hoạt động.

Mô hình thứ hai là doanh nghiệp KHCN đã đưa được một phần, hay toàn bộ kết quả nghiên cứu và phát triển công nghệ vào các sản phẩm sản xuất và có thu nhập có lãi ở đầu ra. Nhưng một thực tế là ở Việt Nam hiện đang triển khai khá nhiều chính sách ưu đãi cho doanh nghiệp theo từng ngành, lĩnh vực, địa phương. Do những quy định và cách hiểu khác nhau về việc hưởng ưu đãi thuế nên việc áp dụng chính sách ưu đãi thuế cho doanh nghiệp KHCN gặp khó khăn. 

Việc giao kết quả nghiên cứu và phát triển công nghệ của các tổ chức công lập (viện - trường) có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước, được cho là một trong những giải pháp để hình thành các doanh nghiệp KHCN. Song vấn đề về mối quan hệ giữa doanh nghiệp được hình thành và nơi đã sản sinh ra kết quả đó sẽ như thế nào? Có cạnh tranh và mâu thuẫn lợi ích hay không khi bản thân các tổ chức KHCN công lập này cũng phải thực hiện quá trình tự chủ theo Nghị định 115, trong đó hoạt động sản xuất kinh doanh từ các kết quả nghiên cứu cũng là một trong cá phần việc và mục tiêu hướng tới của chính các đơn vị này. 

Việc không sử dụng được nguồn lực từ Quỹ phát triển KHCN trong các doanh nghiệp nhà nước, để tái đầu tư cho hoạt động nghiên cứu và phát triển công nghệ trong thời gian qua, do các quy định ngặt nghèo về sử dụng quỹ phát triển khoa học trong doanh nghiệp nhà nước, cũng đã làm khó hoạt động phát triển công nghệ trong các doanh nghiệp, hạn chế yếu tố sáng tạo của doanh nghiệp bằng các nghiên cứu, làm chủ công nghệ và phát triển sản phẩm mới. 

Hiện nay mặc dù việc chuyển đổi mô hình tăng trưởng, tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước đã và đang được Chính phủ chỉ đạo quyết liệt thực hiện nhưng cũng chưa thấy doanh nghiệp KHCN được hình thành, điều mà lẽ ra phải có như một sự tất yếu trong quá trình đổi mới và phát triển doanh nghiệp đi lên theo hình xoắn ốc trong quá trình vận động và phát triển kinh tế - xã hội của đất nước và cạnh tranh kinh tế quốc tế. 

Giải pháp cho phát triển nhanh và bền vững 

Phát triển doanh nghiệp KHCN cần phải được đặt trong tổng thể mô hình phát triển doanh nghiệp của cả nước. Vai trò, vị trí của doanh nghiệp KHCN ở từng ngành, lĩnh vực, vùng và từng địa phương phải gắn bó chặt chẽ với chuyển đổi mô hình tăng trưởng, tái cấu trúc nền kinh tế. Số lượng cũng quan trọng, nhưng quan trọng hơn là chất lượng, phải làm cho doanh nghiệp KHCN thực sự trở thành nền tảng và động lực cho phát triển sản xuất hàng hóa có giá trị gia tăng và sức cạnh tranh cao. 

Do đó, một trong những yêu cầu đầu tiên là cần phải định vị rõ nét, thế nào là doanh nghiệp KHCN, ở đâu và khi nào. Những quan điểm, cách hiểu hiện nay đã phản ánh được đầy đủ, chính xác những đặc tính của loại hình doanh nghiệp này hay chưa, các cơ chế và chính sách cho từng giai đoạn phát triển của doanh nghiệp KHCN đã đáp ứng được đòi hỏi của thực tiễn của sự phát triển? 

Kinh nghiệm từ các quốc gia có truyền thống phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa; doanh nghiệp khởi nghiệp từ kết quả nghiên cứu mới từ viện, trường như Nhật Bản cho thấy, cần phải thường xuyên đánh giá và cập nhật nhanh chóng cơ chế chính sách để phù hợp với thực tiễn của sự phát triển 

Do đó, nên chăng cần thay đổi cách tiếp cận về xây dựng chính sách ưu đãi đất đai. Để thực hiện được mục tiêu này ngành KHCN cần quy hoạch và tăng nhanh số lượng các khu ươm tạo doanh nghiệp KHCN trong phạm vi cả nước và đổi mới cơ chế đầu tư và quản lý, ví dụ có thể triển khai các khu ươm tạo theo hình thức hợp tác công tư (PPP) để tăng cường nguồn lực đóng góp từ xã hội, với sự tham gia của các quỹ đầu tư trong và ngoài nước, khuyến khích đầu tư mạo hiểm cho một số ngành và lĩnh vực mới có nhiều triển vọng. 

Hiệu quả phối hợp giữa các cơ quan thực hiện chức năng công trong việc thực hiện xây dựng cơ chế, chính sách và triển khai thực hiện hỗ trợ phát triển doanh nghiệp nói chung chưa thực sự tốt, theo các chuyên gia JICA thì đây là một trong những điểm yếu của hệ thống hỗ trợ doanh nghiệp nói chung của Việt Nam. Do vậy để đạt được mục tiêu đã đề ra thì giải pháp nâng cao hiệu quả chỉ đạo, phối hợp của các cơ quan nhà nước cả ở Trung ương và địa phương theo chiều ngang và chiều dọc là hết sức quan trọng. 

Sự thiếu vắng một chiến lược truyền thông đầy đủ với những đặc thù riêng cho doanh nghiệp KHCN để cung cấp thông tin, tạo dư luận xã hội, qua đó tạo ra làn sóng mới trong phát triển doanh nghiệp KHCN trong cộng đồng doanh nghiệp cũng là điều cần phải được bổ sung trong thời gian tới đây.