Bên cạnh đó, cơ quan thuế các cấp đã tiến hành thanh tra, kiểm tra 364 doanh nghiệp (DN) có hoạt động giao dịch liên kết; qua đó đã xử lý truy thu, truy hoàn và phạt hơn 1.306 tỷ đồng; giảm lỗ hơn 6.022 tỷ đồng; giảm khấu trừ 15,95 tỷ đồng và điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế hơn 2.798 tỷ đồng.

Cơ quan thuế các cấp cũng tiến hành thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT)  với 6.962 quyết định hoàn thuế trước, kiểm tra sau, giá trị đã hoàn hơn 29.350 tỷ đồng. Tổng số tiền phải thu hồi, truy hoàn và xử lý vi phạm hành chính là 231 tỷ đồng.

Theo số liệu thống kê, tính trong 11 tháng năm 2017, tổng số thuế tăng thu qua công tác thanh tra, kiểm tra hơn 16.325 tỷ đồng, bằng 119,7% so với cùng kỳ năm 2016; giảm khấu trừ 1.507 tỷ đồng, bằng 194%; giảm lỗ khoảng 31.520 tỷ đồng, bằng 189,79% so với cùng kỳ năm 2016; giảm số chi hoàn thuế 400 tỷ đồng.

Theo lãnh đạo của Tổng cục Thuế, nhằm phát huy kết quả đã đạt được và nâng cao hiệu quả thanh kiểm tra trong thời gian tới, ngành Thuế sẽ tiếp tục xây dựng và hoàn thiện hệ thống cơ sở dữ liệu, phục vụ công tác phân tích rủi ro trong thanh tra, kiểm tra.

Bên cạnh việc tổ chức sắp xếp, sớm bổ sung nguồn nhân lực; đẩy mạnh công tác đào tạo, tập huấn, trao đổi nghiệp vụ để nâng cao năng lực và kỹ năng cho công chức làm công tác thanh kiểm tra; ngành Thuế sẽ tăng cường kiểm soát tuân thủ đối với hoạt động công vụ của các đoàn, đội và cán bộ thực thi nhiệm vụ thanh kiểm tra, đảm bảo ngăn ngừa và xử lý kịp thời các trường hợp vi phạm.