Theo đó, Ủy ban là tổ chức phối hợp liên ngành, có chức năng giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia theo quy định của Hiệp định và Nghị định thư về xây dựng và thực hiện cơ chế một cửa ASEAN.

Đồng thời, tham mưu triển khai các giải pháp đồng bộ để tạo thuận lợi cho thương mại và giao lưu hàng hóa qua biên giới. Xem xét, nghiên cứu, có ý kiến về việc sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ hoặc xây dựng mới hệ thống văn bản quy phạm pháp luật phù hợp với yêu cầu triển khai, vận hành Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia.

Bên cạnh đó, Ủy ban còn có nhiệm vụ hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện cũng như phê duyệt theo thẩm quyền hoặc cho ý kiến về kết quả xây dựng và thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia và các giải pháp tạo thuận lợi cho giao lưu hàng hóa qua biên giới trước khi trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, phê duyệt.

Ủy ban cũng có chức năng kiến nghị việc cử đại diện của Việt Nam tham gia Ban chỉ đạo của ASEAN, các Nhóm làm việc ASEAN về Cơ chế một cửa ASEAN và các Nhóm hoặc cơ cấu làm việc theo yêu cầu của việc triển khai các điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết, gia nhập có liên quan đến tạo thuận lợi cho thương mại và giao lưu hàng hóa qua biên giới.

Theo quyết định, cơ quan thường trực của Ủy ban chỉ đạo quốc gia được đặt tại Tổng cục Hải quan (Bộ Tài chính).